Matrixbasierte DNA-Extraktion für gezieltes Next-Generation-Sequencing an dekontaminierten Sputumproben

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6. Juni 2025

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Jennifer Williams^*¹ , Janré Steyn^*¹ , Emilyn Costa Conceição^*¹ , Felicia Bernita Wells¹ , Melanie Grobbelaar¹ , Nabila Ismail¹ , Yonas Ghebrekristos¹^,² , Christoffel Johannes Opperman¹^,²^,³^,⁴ , Sarishna Singh¹^,² , Jason Limberis⁵ , Fahd Naufal⁵ , Brendon Coenrad Mann¹ , Rebecca E. Colman⁶^,⁷ , Timothy Rodwell^*⁶^,⁷ , Robin Mark Warren^*¹ , John Z. Metcalfe^*⁵

¹Division of Molecular Biology and Human Genetics, SAMRC Centre for TB Research, DSI-NRF Centre of Excellence for Biomedical TB Research, Department of Biomedical Sciences, Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, ²National Health Laboratory Service, Green Point Tuberculosis Laboratory, ³Division of Medical Microbiology, Department of Pathology, University of Cape Town, ⁴Division of Medical Microbiology, Department of Pathology, University of Cape Town, ⁵Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Zuckerberg San Francisco General Hospital and Trauma Centre, University of California, San Francisco, ⁶Department of Medicine, University of California, San Diego, School of Medicine, ⁷Foundation for Innovative New Diagnostics (FIND), Campus Biotech

^* These authors contributed equally

Wir stellen eine optimierte Methode zur DNA-Extraktion aus dekontaminiertem Sputum vor, bei der eine matrixbasierte Extraktionsmethode in Kombination mit einer magnetischen Bead-Aufreinigung für die nachgelagerte gezielte Next-Generation-Sequenzierung von Mycobacterium tuberculosis verwendet wird.