Imagerie et quantification des réponses d’évitement de l’essaim au stress antibiotique chez Pseudomonas aeruginosa

Prenez une plaque de gélose d’essaimage qui soutient la motilité d’essaimage - un mouvement bactérien coordonné sur une surface semi-solide qui forme des motifs en forme de vrilles.

Inoculez le centre de la plaque avec une culture de Pseudomonas aeruginosa et placez un mélange de la même culture avec un antibiotique à des positions satellites régulièrement espacées.

Couvrez l’assiette avec un couvercle peint en noir pour minimiser les reflets de la lumière.

Placez la plaque sur un scanner à plat à l’intérieur d’un incubateur maintenu à une humidité optimale.

Au cours de l’incubation, la population centrale commence à se multiplier et à essaimer.

Lorsque l’essaim s’approche des colonies traitées aux antibiotiques, il détecte les signaux de stress sécrétés par les bactéries et les redirige pour éviter ces régions.

Le scanner, contrôlé par un logiciel automatisé, capture des images haute résolution à intervalles réguliers.

Compilez ces images dans une vidéo pour visualiser la progression et l’évitement de l’essaim au fil du temps.

Quantifiez l’évitement de l’essaim en mesurant la distance entre chaque colonie satellite et le bord de l’essaim central dans une image de stade avancé.

Après avoir placé les plaques dans le scanner, ouvrez le fichier et enregistrez les paramètres pour définir le chemin d’enregistrement des images, puis cliquez sur numériser et OK à intervalles de 30 minutes. Pour automatiser l’acquisition d’images, utilisez le logiciel de script.

Sélectionnez à la fois l’analyse inactive et l’analyse unique, puis cliquez avec le bouton droit sur l’analyse inactive, puis cliquez avec le bouton gauche sur activé. À la fin de l’incubation, importez toutes les images numérisées dans ImageJ. Dans la fenêtre des options de séquence, le nombre d’images indique le nombre d’images sélectionnées.

Continuez à commencer l’image à une pour commencer à partir de la première image du dossier et les images à l’échelle à 100 % pour conserver la taille d’origine des images. Cliquez sur convertir en RVB pour conserver les images en couleur. Laissez l’option Utiliser la pile virtuelle décochée et cliquez sur OK pour charger les images.

Cliquez sur fichier, enregistrer sous et AVI pour fusionner les images en un fichier AVI. Ajustez la compression sur JPEG et la fréquence d’images sur cinq images par seconde. Enregistrez ensuite le time-lapse AVI dans le dossier de stockage approprié.