Électrophorèse sur gel de polyacrylamide natif bleu : une technique de séparation non dénaturante pour l’analyse de complexes de chaînes respiratoires mitochondriales intactes

Pour analyser les cinq complexes mitochondriaux de la chaîne respiratoire avec des sous-unités intactes, on obtient des complexes mitochondriaux solubilisés dans un détergent doux et non ionique. Mélanger avec un tampon contenant du Coomassie Blue-G, un colorant anionique.

Coomassie remplace le détergent et se lie de manière non spécifique aux complexes, conférant une charge négative et les colorant en bleu. De plus, Coomassie empêche les complexes de s’agréger et aide à préserver leur structure et leur fonction natives.

Dans un réservoir d’électrophorèse, assemblez une cassette de gel comprenant un gel de résolution de gradient avec une taille de pores décroissante sur la longueur, recouvert d’un gel d’empilage de la taille d’un grand pore. Remplissez les chambres d’anode et de cathode avec une anode réfrigérée et un tampon cathodique contenant de la Coomassie.

Chargez les puits avec un mélange de complexes protéiques liés à Coomassie. Amorcez l’électrophorèse.

Les complexes protéiques chargés négativement migrent du gel d’empilement dans le gel de résolution de gradient, vers l’anode chargée positivement. Alors que les petits complexes traversent rapidement les pores, les plus grands complexes sont ralentis par des tailles de pores restrictives lorsqu’ils se déplacent vers le bas du gel de résolution.

Coomassie dissocié des complexes pendant le cycle est substitué par Coomassie dans le tampon cathodique, empêchant les complexes de se déplacer de leurs positions respectives dans le gel. Après l’électrophorèse, visualisez le gel. Les complexes mitochondriaux apparaissent sous forme de bandes bleues résolues en fonction de la taille.

Le complexe II avec le poids moléculaire le plus bas occupe la position la plus basse sur le gel, suivi des complexes IV, III et V. Le complexe I avec le poids moléculaire le plus élevé occupe la position la plus élevée.

Pour effectuer l’électrophorèse sur gel natif bleu, ajoutez d’abord le tampon cathodique bleu à la cassette de gel. À l’aide d’une pipette, lavez et remplissez les puits avec le tampon cathodique bleu. Ensuite, chargez 5 à 30 microgrammes d’échantillons de protéines dans les puits. Remplissez doucement la cassette de gel jusqu’en haut avec le tampon cathodique bleu et le réservoir avec le tampon d’anode.

Tout d’abord, faites fonctionner le gel à une tension constante de 40 volts pendant 15 minutes. Ensuite, augmentez la tension à 80 volts. Passez le gel jusqu’à ce que le colorant atteigne les 2/3 de la longueur du gel. Remplacez le tampon cathodique bleu par le tampon cathodique et continuez l’électrophorèse jusqu’à ce que le front de colorant se soit écoulé du gel.