Name: Préparation de l’échantillon d’Identification basé sur la spectrométrie de masse des régions de liaison à l’ARN (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-09-28T14:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Apprenez à identifier les protéines liant l'ARN et cartographier leurs régions de liaison dans les cellules vivantes par photo-réticulation UV et spectrométrie de masse. Cette méthode sans purification permet d'étudier les interactions ARN-protéines en épigénétique.

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R.B. a été pris en charge par le programme des boursiers Searle, la W.W. Smith Foundation (C1404) et la marche des dix sous fondation (1-FY-15-344). B.A.G reconnaît l’appui du NIH subventions R01GM110174 et NIH R01AI118891, ainsi que de DOD accorder BC123187P1. R.W.-T. était appuyée par une subvention de formation NIH T32GM008216.

1. culture et Expansion de mESCs Remarque : cellules souches embryonnaires de souris sont faciles de culture et peut être rapidement étendus à un grand nombre requis par des expériences biochimiques grâce à leur durée de cycle rapide. MESCs sains doubler chaque 12 h.
<ol><li>MESCs Expand jusqu'à la valeur souhaitée sur plaques gélatinisés dans mESC moyen (voir ci-dessous) dans un incubateur de culture de tissus maintenus à 37 ° C, 5 % de CO 2, et &#62; 95 % d’humidité. 
	Remarque : Assez plaques doivent être préparées pour 3 à 5 répétitions biologiques pour le + échantillon 4SU et contrôle - 4SU. Une plaque de 10 cm (soit 5 millions de cellules) est plus que suffisante pour chaque réplicat biologique.</li>
	<li>Le support pour les mESCs se compose de Dulbecco &#39; s modified Eagle &#39; s moyenne (DMEM) additionné de 15 % sérum bovin fœtal (SVF), 2 mM de L-glutamine, 0,5 x pénicilline/streptomycine, 1 acides aminés non-essentiels de x, 100 µM bêta-mercaptoéthanol, 1 000 U / ml facteur inhibiteur de leucémie (LIF), 3 µM CHIR99021, 1 µM PD0325901.</li>
	<li>Avant passage mESCs, préparer le nombre désiré de plaques de 10 cm.
	<ol><li>Ajouter 4 mL de 0,1 % de gélatine dans l’eau en s’assurant que toute la surface de la plaque est recouverte, incuber pendant 10 min à température ambiante (RT), enlever la solution de gélatine.</li>
	</ol></li> <li>Passage des cellules lorsqu’ils atteignent 10 millions de cellules par plaque, généralement ~ 48 h après inoculation. 
	Remarque : Comme les mESCs poussent en colonies denses, plaques jamais puisse rejoindre la confluence de 100 %, tel qu’observé pour les lignées de cellules qui se développent en monocouches (p. ex. HEK293 ou cellules 3 t 3). Une plaque de mESC devrait être repiquée lorsqu’environ 50 % confluente et certainement avant le milieu se colore en jaune.
	<ol><li>Pour détacher des cellules, laver les plaques avec des cultures denses mESC une fois dans 1 x solution saline tamponnée au phosphate (PBS), additionnée de 2 mM EDTA, puis ajouter 0,05 % trypsine dissoute dans DMEM et retourner la plaque à l’incubateur pendant 5 min (37 ° C, 5 % de CO 2, et &#62; 95 % humidité).</li>
		<li>Retirer la plaque de l’incubateur et remettre en suspension les cellules avec un volume égal de DMEM en pipettant également monter et descendre plusieurs fois vigoureusement.</li>
		<li>Compter les cellules à l’aide de hémocytomètre et faire en sorte que les cellules forment une suspension de cellules individuelles (c'est-à-dire sans clusters), puis centrifuger cellule mélange 500 g pendant 5 min à température ambiante. Éliminer le surnageant et Resuspendre le culot dans 1 à 2 mL DMEM.</li>
		<li>Ensemencer les cellules à une densité de 10 000 cellules/cm 2 dans un milieu mESC (c.-à-d. ~ 800 000 cellules par plaque de 10 cm) en utilisant les plaques de gélatine-enduit préparés à l’étape 1.3.1.</li>
	</ol></li></ol> 2. Crosslink de protéine &#8211; Interactions ARN dans les cellules vivent Remarque : ARN-protéines réticulation est médiée par le ribonucléosides activable par photo analogiques 4-thiouridine (4SU). 4SU dispose d’un maximum d’absorption plu qu’endogène nucléotides et peuvent seulement être incorporé à ARN ; par conséquent, intermédiaire-longueur d’onde UVB peut servir à sélectivement crosslink RNA de protéines 25 , 26. Traitement UVB des cellules traitées 4SU mène à des liaisons covalentes entre 4SU contenant les ARN et les acides aminés, avec une préférence déclarée pour Tyr, Trp, Met, Lys et Cys 27.
<ol><li>MESCs Expand le nombre requis de plaques de 10 cm comme décrit dans étape 1. 
	Remarque : Assez plaques doivent être préparées pour 3 à 5 répétitions biologiques pour le + échantillon 4SU et contrôle - 4SU. Une plaque de 10 cm (soit 5 millions de cellules) est suffisante pour chaque réplicat biologique.</li>
	<li>Avant les plaques atteignent confluence, ajouter 4SU directement dans le milieu à une concentration finale de 500 µM. laissez - 4SU plats de contrôle n’est pas traités.</li>
	<li>Plaques de secouer doucement pour distribuer le 4SU homogène tout au long de la moyenne. Retourner à l’incubateur de culture de tissus même pendant 2 h (37 ° C, 5 % de CO 2, et &#62; 95 % d’humidité).</li>
	<li>Plaques de transfert à un seau à glace et ne milieu.</li>
	<li>Rincer la plaque doucement avec 5 mL de PBS glacee. 
	Remarque : Rincer doucement ou cellules pourraient se détacher.</li>
	<li>Ajouter 2 mL de plaques de PBS et lieu glacés sans couvercle dans une RETICULATION équipée avec des lampes émettant des rayons UVB (312 nm). Irradier les plaques avec un valeur de l’énergie de 1 J/cm 2. 
	Remarque : Il est essentiel que les couvercles en plastique sont retirés ou ils pourraient protéger les cellules contre la lumière UV et prévenir la réticulation.</li>
	<li>Prélever des cellules à l’aide de poussoirs de cellule et transfert à PBS glacée en tubes coniques. Centrifuger à 2 000 x g pendant 5 min, 4 ° C.</li>
	<li>Enlever le surnageant et Resuspendre le culot dans 5 mL PBS glacé avec 2 mM EDTA et 0,2 mM le fluorure de phénylméthylsulfonyle (PMSF).</li>
	<li>Comte de cellules utilisant un hémocytomètre. Attendre 5-10 et 10 millions de cellules de plaques de 10 cm et 15 cm respectivement.</li>
	<li>Centrifugeuse à 2 000 x g pendant 5 min, 4 ° C. 
	Remarque : Les cellules granulés peuvent être immédiatement utilisées pour l’étape 3 ou ils peuvent être flash congelés dans l’azote liquide et conservés indéfiniment à-80 ° C. Il s’agit d’un potentiel point d’arrêt.</li>
</ol> 3. Isolement des noyaux Remarque : noyaux sont isolés pour éliminer les protéines cytoplasmiques et accroître la couverture des protéines nucléaires. Cette étape peut être remplacée avec d’autres formes de fractionnement cellulaire afin d’étudier les pratiques commerciales restrictives dans les différents compartiments cellulaires.
<ol><li>Préparation glacée tampon (10 mM Tris-HCl pH 7,9, 4 ° C, 1,5 mM MgCl 2, 10 mM KCl). Utilisation d’au moins 2,5 mL par 10 millions de cellules (comme comptées à l’étape 2,9) pour l’extraction. 
	Remarque : Stocks de tampons A (par exemple une bouteille de 500 mL) peuvent être préparés à l’avance et conservés à 4 ° C pendant 6 mois.
	<ol><li>Avant utilisation, ajouter 0,5 mM le dithiothréitol (DTT) et 0,2 mM PMSF à la quantité désirée (2,5 mL / 10 millions de cellules) du tampon glacee A.</li>
	</ol></li> <li>Laver les cellules à l’aide de 2 mL tampons A par 10 millions de cellules. Essorage à 2 500 g pendant 5 min à 4 ° C.</li>
	<li>Jeter surnageant, ajouter des tampons A additionné de 0,2 % de détergent non ionique, non dénaturants, tels que l’octyl-phénoxy-polyéthoxy-éthanol (voir la Table des matières), 500 µL par 10 millions de cellules. Tournez pendant 5 min à 4 ° C.</li>
	<li>Centrifugeuse à 2 500 g pendant 5 min.</li>
	<li>Enlever le surnageant, le culot est composé des noyaux intacts dépourvue de cytoplasme. 
	Remarque : Les noyaux peuvent être utilisés immédiatement pour l’étape 4 ou flash-congelés dans l’azote liquide et conservés à-80 ° C indéfiniment. Il s’agit d’un potentiel point d’arrêt.</li>
</ol> 4. Lyse des noyaux Remarque : noyaux réticulé sont lysées dans un tampon de spectrométrie de masse compatible pour libérer des protéines et des complexes protéine-ARN.
<ol><li>Tampon de lyse Add (9 M urée, 100 mM Tris-HCl pH 8,0, 24 ° C), 200 µL par 10 millions de cellules. Laisser agir la chromatine à l’aide d’un 1/8 de cisaillement &#34; sonde au réglage d’amplitude de 50 % pour les 5-10 s.</li>
	<li>Spin à 12 000 x g pendant 5 min et virés 175 µL de surnageant pour éviter le pellet. 
	Remarque : 100 µL servira pour les prochaines étapes de l’IPR-ID et le µL 75 restants du lysat peuvent être stockées à-80 ° C pour une utilisation ultérieure ou analyse par western blot.</li>
	<li>Concentration de protéine de mesure par analyse de Bradford ou similaires technique 28. Diluer la concentration de protéines dans les différents échantillons à 1 mg/mL ou la plus faible concentration de l’échantillon en utilisant des quantités appropriées de tampon de lyse. 
	Remarque : Dans les noyaux de 10 millions mESCs attendre 100-200 µg de protéines.</li>
</ol> 5. La Digestion trypsique Remarque : les protéines sont digérées pour générer des peptides sconvient pour l’analyse de bas en haut la spectrométrie de masse (MS).
<ol><li>Ajouter TNT solution nucléaire lysat (5 mm final) ; Incuber pendant 1 heure à température ambiante.</li>
	<li>Ajouter iodoacétamide stock frais (14 mM final) : incuber 30 min à ta dans l’obscurité.</li>
	<li>Diluer lysat avec 5 fois le volume de 50 mM NH 4 HCO 3</li>
	<li>Ajouter la trypsine (µg de protéines : la trypsine µg = 200:1) ; Incuber à 37 ° C jusqu’au lendemain.</li>
</ol> 6. Déssalement des peptides <ol><li>préparer un Conseil sur mesure étape par exemple.
	<ol><li>6.1.1. Placez un disque de matériel d’extraction C18 phase solide dans le fond d’un cône de pipette de 200 µL.</li>
		<li>Ajouter 50 µL d’oligo R3 inversé résine de phase sur le dessus le disque de C18. Placez la pointe de la scène à l’intérieur de l’adaptateur de la centrifugation et la pointe de lieu avec l’adaptateur à l’intérieur d’un tube de microtubes de 1,5 mL.</li>
		<li>Ajouter 100 µL 100 % acétonitrile à conseils pour laver. Centrifuger à 1000 x g pendant 1 min éliminer le solvant.</li>
		<li>Stabiliser avec 50 µL 0,1 % d’acide trifluoroacétique (TFA). Centrifuger à 1000 x g pendant 1 min.</li>
	</ol></li> <li>Ajouter 100 % d’acide formique à échantillon de protéines digérées pour diminuer le pH à 2-3. 
	Remarque : Cela devrait exiger ~ 5 µL par 1 mL d’échantillon dilué de peptide, mais pH doit être mesurée et plus formique acide ajouté si nécessaire.</li>
	<li>Échantillon charge sur pointe du stade sur mesure, centrifuger à 1000 x g pendant 1 min, jusqu'à ce que tous d’échantillon passe par la pointe.</li>
	<li>Lavage lié peptides avec 50 µL 0,1 % TFA. Centrifuger à 1000 x g pendant 1 min.</li>
	<li>Éluer les peptides en ajoutant 50 µL de tampon d’élution (75 % d’acétonitrile, 0.025 % TFA) au bout de la scène et centrifuger à 1000 x g pendant 1 min forcer le tampon d’élution de la pointe.</li>
	<li>Sécher l’échantillon en utilisant une centrifugeuse vide fixé à 150 x g et 1-3 kPa pendant 1 h. 
	Remarque : Peptides séchées peuvent être stockés indéfiniment à-80 ° C. Il s’agit d’un potentiel point d’arrêt.</li>
</ol> 7. Suppression de l’ARN réticulé Remarque : traiter des peptides avec une nucléase à supprimer réticulé RNA.
<ol><li>Resuspendre le culot dans 50 µL 2 x nucléase tampon (100 mM NH 4 HCO 3, 4 mM MgCl 2).</li>
	Concentration <li>peptide de mesure à l’aide d’absorbance à 280 nm, en supposant que 1 mg/mL de peptides pour un A 280 1. 
	Remarque : La concentration attendue est de 1 mg/mL.</li>
	<li>Ajuster tous les échantillons à 1 mg/mL, ou à la concentration la plus faible à l’aide de 2 x tampon nucléase.</li>
	<li>Préparer un mélange maître 50 µL H 2 O + nucléase de haute pureté 1 µL (&#8805; 250 U) (voir la Table des matières) par exemple.</li>
	<li>Prendre 50 µL de l’échantillon de peptide et ajouter 50 µL d’H 2 O + nucléase master mix.</li>
	<li>Incuber à 37 ° C pendant 1 h. procédez pour la spectrométrie de masse. 
	NOTE : Les peptides sont maintenant prêts pour la spectrométrie de masse. Ils peuvent être analysés immédiatement ou stockées indéfiniment à-80 ° C. Il s’agit d’un potentiel point d’arrêt.</li>
</ol> 8. Nano chromatographie en phase liquide, spectrométrie de masse et traitement des données brutes Remarque : puisque 4SU-réticulation change la masse de peptide, leurs ions ne comptent pas dans l’intensité du peptide non réticulé en LC-MS/MS, qui semble donc être diminuée par la réticulation. Le degré et la cohérence de cette diminution reflète le degré de réticulation de protéine-ARN pour chaque peptide 24.
<ol><li>Préparer HPLC met en mémoire tampon comme suit : acide formique 0,1 % dans l’eau de qualité CLHP (tampons A) ; 0,1 % d’acide formique en qualité HPLC acétonitrile (tampon B).</li>
	<li>Si un nano-HPLC est disponible, raccorder une nano-colonne avec les caractéristiques suivantes : diamètre intérieur 75 µm ; rempli de particules de C18-AQ ; longueur 20-25 cm. 
	Remarque : Si l’HPLC disponible fonctionne à des débits plus élevés utiliser une taille de colonne appropriée pour le débit indiqué. Chromatographie de débit plus élevée diminue la sensibilité.</li>
	<li>Programmer la méthode CLHP comme suit : débit taux 250-300 nL/min ; dégradé de 2 à 28 % tampon B à 120 min, de 28 à 80 % B pour les prochaine 5 min et isocratique 80 % B pendant 10 min. 
	Remarque : Si l’HPLC ne dispose pas d’un chargement d’échantillon préalable équilibration colonne automatisé, lancez le programme avec 10 min à 0 % B avant de charger l’échantillon.</li>
	La méthode d’acquisition de MS pour effectuer dépendant des données acquisition (DDA) comme des expériences de protéomique fusil standard du programme <li>. Cycle d’utilisation de l’instrument doit alterner les analyses complètes de MS avec le tandem MS scans (ou MS/MS) des signaux plus intenses. Utilisez les paramètres optimaux pilotée par protéomique MS. 
	Remarque : Pour obtenir les résultats confiants, instruments à usage pouvant effectuer au moins la MS complet scan en mode haute résolution (p. ex. Orbitrap valant, temps de vol). Pour une quantification précise, s’assurer que les intervalles entre les analyses complètes de MS ne sont plus que 3 s. cycles de service plus longs pourraient empêcher la définition exacte des chromatogrammes ion extrait.</li>
	<li>Charger 1-2 µg d’échantillon sur la colonne CLHP et exécuter la méthode HPLC-MS/MS comme programmé. Pour chaque réplicat biologique effectuer au moins deux essais indépendants et traitez-les comme technique de réplicats.</li>
	<li>Après MS, importez les fichiers raw dans un progiciel de protéomique pour MS/MS spectres identification et quantification de peptide par chromatographie ionique extraite. Nous vous recommandons de paquets de logiciels qui peuvent effectuer des alignements chromatographique de multiple MS fonctionne (voir la Table des matières) 29 , 30.</li>
	<li>Si l’option est disponible dans la suite logicielle, activez &#34; Match entre pistes &#34; avant de commencer le traitement des données.</li>
	<li>Une fois l’analyse terminée, exportez la liste des peptides ainsi que les valeurs de quantification.</li>
</ol>

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<li>Favre, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4-Thiouridine+photosensitized+RNA-protein+crosslinking+in+mammalian+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Biophys+Res+Commun%22%5BJournal%5D)">4-Thiouridine photosensitized RNA-protein crosslinking in mammalian cells.</a> Biochem Biophys Res Commun. 141 (2), 847-854 (1986).</li>
<li>Hafner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptome-wide+identification+of+RNA-binding+protein+and+microRNA+target+sites+by+PAR-CLIP%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.</a> Cell. 141 (1), 129-141 (2010).</li>
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<li>Tyanova, S., Temu, T., Cox, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+MaxQuant+computational+platform+for+mass+spectrometry-based+shotgun+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">The MaxQuant computational platform for mass spectrometry-based shotgun proteomics.</a> Nat Protoc. 11 (12), 2301-2319 (2016).</li>
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</ol>

Les auteurs n’ont rien à divulguer.

Nous décrivons un plan expérimental détaillé pour effectuer RBR-ID dans mESCs et, avec les modifications appropriées, dans n’importe quelle cellule qui peut incorporer 4SU dans l’ARN. Autres types de cellules peuvent exiger l’optimisation de l’approche pour assurer un signal / bruit suffisant. En outre, alors que le protocole décrit ci-après met l’accent sur l’examen des pratiques commerciales restrictives nucléaires, la technologie de RBR-ID devrait être facilement adaptables aux différents compartiments cellulaires, te...

La méthode RBR-ID vise à identifier de nouvelles protéines de liaison à l’ARN (pratiques commerciales restrictives) et de cartographier leurs régions de liaison à l’ARN (IPR) avec une résolution de peptide-niveau pour faciliter la conception des mutants de la liaison à l’ARN et l’enquête de la biologique et biochimique fonctions des interactions de protéine-ARN.
L’ARN est unique parmi les biomolécules car il peut agir comme un messager porteur d’informations génétiques et aussi incorporer des structures tridimensionnelles complexes avec des fonctions biochimiques plus semblables à celles des protéines1,2. Un corps croissant d’évidence suggère que les ARN non codants (ncRNA) joue un rôle important dans divers gènes voies réglementaires et épigénétiques3,4,5 et, en général, ces fonctions de régulation sont véhiculées en concert avec les protéines qui interagir spécifiquement avec un ARN donné. Une importance particulière, un ensemble de protéines qui interagissent a récemment été désigné pour l’ARNnc long intensément étudié (lncRNA) Xist, fournissant de précieuses informations sur la façon dont cette lncRNA intervient dans l’inactivation du chromosome x dans les cellules femelles6,7 ,,8. Notamment, plusieurs de ces protéines interagissant Xist ne contiennent pas de n’importe quel canonique de domaines de liaison à l’ARN9, et leur activité de liaison à l’ARN ne pouvait donc pas être prédite en silico issu de leur séquence primaire seul. Considérant que des milliers de lncRNAs sont exprimés dans une cellule donnée10, il est raisonnable de supposer que bon nombre d'entre eux pourraient agir via des interactions avec encore à découvrir les protéines de liaison à l’ARN (pratiques commerciales restrictives). Une stratégie expérimentale pour identifier ces pratiques commerciales restrictives roman donc grandement faciliterait la tâche de disséquer la fonction biologique de ncRNA.
Les tentatives précédentes pour identifier des pratiques commerciales restrictives empiriquement comptent sur RNA sélection de polyA + couplée à la spectrométrie de masse (MS)11,12,13,14,15. Bien que ces expériences a ajouté beaucoup de protéines à la liste des pratiques commerciales restrictives putatifs, par leur conception, qu'ils pourraient seulement détecter les protéines liés aux transcriptions polyadénylé. Cependant, la plupart des petits ARN et lncRNAs beaucoup ne sont pas polyadénylé. 16 , 17 et leurs protéines interagissants auraient probablement été manqués dans ces expériences. Une étude récente appliquée apprentissage artificiel à des bases de données de protéine-protéine interactome pour identifier les protéines qui co purifié avec de multiples pratiques commerciales restrictives connues et a montré que ces partenaires RBP récurrentes étaient plus susceptibles de posséder des activités de liaison à l’ARN18. Toutefois, cette approche s’appuie sur l’exploitation minière des bases de données existantes grande interaction et peut seulement identifier les protéines qui peuvent être co purifiés dans des conditions non-dénaturisation avec connus aux pratiques commerciales restrictives, ce qui exclut de l’analyse insoluble, intégrée à la membrane et rare protéines.
L’identification d’une protéine comme un bona fide RBP souvent ne cède pas automatiquement les informations sur la fonction biologique ou biochimique de l’interaction de protéine-ARN. Pour remédier à ce point, il est généralement souhaitable d’identifier les domaine et acide aminé résidus protéiques impliqués dans l’interaction afin que des mutants spécifiques peuvent être conçus pour tester la fonction de liaison de RNA dans le contexte de chaque roman RBP19, 20. précédente des efforts déployés par notre groupe et d’autres ont utilisé des fragments de protéines recombinantes et mutants de délétion d’identifier RNA binding régions (IPR)19,20,21,22; Toutefois, ces démarches sont fastidieuses et incompatible avec les analyses de haut débit. Plus récemment, une étude décrit une stratégie expérimentale pour mapper les activités de liaison à l’ARN d’une façon haut-débit à l’aide de la spectrométrie de masse23; Toutefois, cette approche s’est fondée sur une double ARN polyA + sélection et ainsi transportés les mêmes limitations que les approches d’identification RBP décrits ci-dessus.
Nous avons développé une technique, appelée RNA binding région d’identification (IPR-ID), qui exploite la protéine-ARN psoralen et spectrométrie de masse quantitative afin d’identifier des protéines et des régions de protéines interagissent avec l’ARN dans des cellules vivantes sans faire hypothèse sur l’état de polyadénylation RNA, y compris les pratiques commerciales restrictives lié à ARN polyA24. En outre, cette méthode s’appuie exclusivement sur la réticulation et a pas d’exigence sur la solubilité des protéines ou de l’accessibilité et est donc adaptée à la carte des activités de liaison à l’ARN dans les membranes (p. ex. l’enveloppe nucléaire) ou compartiments peu solubles ( par exemple la matrice nucléaire). Nous décrivons les étapes expérimentales pour exécuter RBR-ID pour les noyaux des cellules souches embryonnaires de souris (mESCs) mais avec des modifications mineures ce protocole devrait être adapté à une variété de types de cellules, pourvu qu’ils peuvent intégrer efficacement 4SU de la culture milieu.

<table><tbody><tr><td>KnockOut DMEM</td><td>Fisher Scientific</td><td>10829018</td><td></td></tr><tr><td>sérum fœtal bovin, qualifié, origine américaine</td><td>Fisher Scientific</td><td>26140079</td><td></td></tr><tr><td>solution de L-glutamine 200 mM</td><td>Sigma</td><td>G7513</td><td></td></tr><tr><td>Solution de pénicilline-streptomycine</td><td>Sigma</td><td>P0781</td><td></td></tr><tr><td>MEM Solution d’acides aminés non essentiels (100&times ;)</td><td>Sigma</td><td>M7145</td><td></td></tr><tr><td>2-Mercaptoéthanol</td><td>Sigma</td><td>M3148</td><td></td></tr><tr><td>ESGRO Facteur inhibiteur de la leucémie (LIF)</td><td>EMD Millipore</td><td>ESG1106</td><td></td></tr><tr><td>CHIR99021</td><td>Tocris</td><td>4423</td><td></td></tr><tr><td>PD0325901</td><td>Sigma</td><td>PZ0162</td><td></td></tr><tr><td>Solution de gélatine, 2 % dans l’eau</td><td>Sigma</td><td>G1393</td><td></td></tr><tr><td>4-thiouridine</td><td>Sigma</td><td>T4509</td><td>50 mM stock dans l’eau</td></tr><tr><td>Spectrolinker XL-1500</td><td>Fisher Scientific</td><td>11-992-90</td><td></td></tr><tr><td>Fluorure de phénylméthanesulfonyle</td><td>Sigma</td><td>78830</td><td></td></tr><tr><td>IGEPAL CO-630</td><td>Sigma</td><td>542334</td><td>Forme commerciale du détergent octyl-phénoxy-polyéthoxy-éthanol</td></tr><tr><td>Iodoacétamide</td><td>Sigma</td><td>I6125</td><td></td></tr><tr><td>Trypsine, grade de séquençage</td><td>Promega</td><td>V5111</td><td></td></tr><tr><td>Empore disque d’extraction en phase solide</td><td>3M</td><td>66883</td><td></td></tr><tr><td>OLIGO R3 Inversé - Phase Résine</td><td>Fisher Scientific</td><td>1133903</td><td></td></tr><tr><td>Benzonase</td><td>Sigma</td><td>E8263</td><td>Nucléase de haute pureté</td></tr><tr><td>Sonic Dismembrator Modèle 100</td><td>Fisher Scientific</td><td>discontinué mis</td><td>à jour avec FB505110</td></tr><tr><td>Acétonitrile de qualité HPLC</td><td>Fisher Chemical</td><td>A955-4</td><td></td></tr><tr><td>Eau de qualité HPLC</td><td>Fisher Scientific</td><td>W6 4</td><td></td></tr><tr><td>TFA</td><td>Fisher Scientific</td><td>A11650</td><td></td></tr><tr><td>Bicarbonate d’ammonium</td><td>Sigma</td><td>A6141</td><td></td></tr><tr><td>Acide acétique</td><td>Sigma</td><td>49199</td><td></td></tr><tr><td>Acide formique</td><td>Sigma</td><td>F0507</td><td></td></tr><tr><td>ReproSil-Pur 18-AQ</td><td>Dr. Maisch GmbH HPLC</td><td>r13.aq.0003</td><td>Matériau d’emballage pour colonne HPLC</td></tr><tr><td>Capillaire pour nano-colonnes (75 &micro ; m)</td><td>Molex</td><td>1068150017</td><td></td></tr><tr><td>Logiciel MaxQuant</td><td>Institut Max Planck de biochimie</td><td></td><td>Peut effectuer l’alignement chromatographique de plusieurs cycles MS</td></tr></tbody></table>

préparation de l’échantillon d’identification basé sur la spectrométrie de masse des régions de liaison à l’arn

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

ARN non codants joue des rôles importants dans plusieurs processus nucléaires, y compris la régulation de l’expression des gènes, structure de la chromatine et la réparation de l’ADN. Dans la plupart des cas, l’action d’ARN non codants est médiée par des protéines dont les fonctions sont à leur tour régies par ces interactions avec les ARN non codants. Conformément à cela, un nombre croissant de protéines impliquées dans des fonctions nucléaires ont été signalé à lier RNA et dans certains cas les régions de liaison à l’ARN de ces protéines ont été cartographiées, souvent par le biais de méthodes laborieux, axée sur le candidat.
Nous rapportons ici un protocole détaillé pour effectuer une identification non biaisée haut-débit, à l’échelle du protéome de leurs régions de liaison à l’ARN et de protéines de liaison à l’ARN. La méthodologie s’appuie sur l’incorporation d’un uridine photoréactive analogique à l’ARN cellulaire, suivi par réticulation UV induite par la protéine-ARN et spectrométrie de masse pour révéler des peptides de RNA-réticulé au sein du protéome. Bien que nous décrivons la procédure pour les cellules souches embryonnaires de souris, le protocole devrait être facilement adapté à une variété de cellules cultivées.

La figure 1 illustre le flux de travail IPR-ID. En raison de l’efficacité de la réticulation relativement faible de cette technique, il est très important de tenir compte tant le niveau de déplétion et la cohérence de l’effet observé (P -value) à travers des réplicats biologiques. La figure 2 montre une parcelle de volcan de résultat RBR-ID. Peptides qui chevauchaient domaine de motif (MRR) de reconnaissance RNA afficher...

Les auteurs décrivent un protocole pour identifier des protéines de liaison à l’ARN et de cartographier leurs régions de liaison à l’ARN dans des cellules vivantes psoralen médiée par les UV et spectrométrie de masse.

Préparation de l’échantillon d’Identification basé sur la spectrométrie de masse des régions de liaison à l’ARN

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

L'objectif général de cette procédure est d'identifier les protéines liant l'ARN dans des cellules vivantes et de cartographier leurs régions de liaison à l'ARN à l'aide d'une photo-activation par rayonnement UV suivie d'une spectrométrie de masse. Cette méthode peut aider à répondre à des questions clés dans le domaine de l'épigénétique, telles que lesquels des régulateurs épigénétiques sont liés à l'ARN et quelles régions protéiques sont nécessaires pour ces interactions. Le principal avantage de cette technique est qu'elle ne nécessite pas la purification des complexes protéine-ARN, requiert donc peu de matériel et permet d'identifier les protéines liées à tout type d'ARN.Comme indiqué, cette méthode se concentre sur les protéines nucléaires car c'est notre domaine d'intérêt scientifique, mais avec de légères modifications des étapes de fractionnement, elle pourrait être utilisée pour étudier l'ARN et les protéines liantes dans d'autres compartiments stu-nu-laires. Après la culture et l'expansion des CSE murines selon le protocole décrit, étendre les cellules au nombre requis de plaques de 10 centimètres. Avant que les plaques n'atteignent la confluence, ajouter directement quatre SU dans le milieu à une concentration finale de 500 micromolaire.Laisser les boîtes-témoins de 4sU non traitées. Agiter doucement les plaques pour répartir de manière homogène le 4sU dans le milieu, puis remettre les plaques dans l'incubateur de culture tissulaire pendant deux heures. L'efficacité de l'incorporation du 4sU varie selon les types cellulaires, il peut donc être nécessaire d'optimiser sa concentration et le temps d'incubation afin d'assurer un réticulation efficace et de minimiser la toxicité.Ensuite, transférez les plaques dans un seau à glace et jetez le milieu. Puis, utilisez 5 millilitres de PBS glacé pour rincer doucement les plaques. Ajoutez 2 millilitres de PBS glacé et placez les plaques sans couvercle dans un appareil de réticulation équipé de lampes émettant des UV-B.Irradiez les plaques à une énergie de 1 joule par centimètre carré. Une réticulation efficace par UV est essentielle. Nous recommandons d'utiliser une lumière UV-B, mais les UV-A peuvent également être utilisés.Dans tous les cas, la quantité d'énergie UV utilisée doit être optimisée et peut être surveillée par PAR-CLIP ou ChIRP. Utilisez des cell lifters pour recueillir les cellules et les transférer dans du PBS froid sur glace dans des tubes coniques. Ensuite, centrifugez les cellules à 2000 fois g et à quatre degrés Celsius pendant cinq minutes.Éliminer le surnageant et resuspendre le culot cellulaire dans cinq millilitres de PBS glacé contenant 2 millimolaire de EDTA et 0,2 millimolaire de PMSF. À l’aide d’un hématimètre, dénombrer les cellules. Prévoir cinq à dix millions et dix à vingt millions de cellules provenant respectivement de plaques de 10 centimètres et de 15 centimètres.Ensuite, centrifuger les cellules à 2000 × g et à 4 degrés Celsius pendant cinq minutes. Pour isoler les noyaux cellulaires, préparer le tampon A glacé comme indiqué dans le protocole écrit. Juste avant utilisation, ajouter 0,5 millimolaire de DTT et 0,2 millimolaire de PMSF à la quantité souhaitée de tampon A. Ajouter 2 millilitres du tampon froid aux cellules pour les laver, puis centrifuger les cellules à 2500 × g et à 4 degrés Celsius pendant cinq minutes.Jetez le surnageant et ajoutez du tampon A supplémenté avec 0,2 pour cent d'un détergent non ionique et non dénaturant, puis faites tourner l'échantillon à 4 degrés Celsius pendant cinq minutes. Après avoir centrifugé les cellules à 2500 ×g pendant cinq minutes, retirez le surnageant. Le culot contient des noyaux intacts dépourvus de cytoplasme.Pour lyser les noyaux, ajouter 200 microlitres de tampon de lyse dans le tube. Utiliser une sonde de 1/8 de pouce pour soniquer l'échantillon afin de cisailler la chromatine à une amplitude de 50 % pendant cinq à dix secondes. Centrifuger l'échantillon à 12000 ×g pendant cinq minutes et récupérer uniquement 175 microlitres de surnageant afin d'éviter le culot.Ensuite, mesurez la concentration en protéines par le dosage de Bradford ou une technique similaire. Puis, utilisez du tampon de lyse pour diluer la protéine dans les différents échantillons à 1 milligramme par millilitre ou à la concentration d'échantillon la plus faible. Ajoutez une solution de DTT à 5 millimolaire au lysat nucléaire et incubez l'échantillon à température ambiante pendant une heure.Ensuite, ajouter de l'iodoacétamide à 14 millimolaire à partir d'une solution mère fraîche et incuber le lysat à température ambiante à l'abri de la lumière pendant 30 minutes. Diluer le lysat avec un volume cinq fois supérieur de bicarbonate d'ammonium à 50 millimolaire, puis ajouter la trypsine. Incuber l'échantillon à 37 degrés Celsius toute la nuit.Pour préparer un embout sur mesure par échantillon, placer un disque de matériau C18 d'extraction en phase solide au fond d'un embout de pipette de 200 microlitres. Ajouter 50 microlitres de résine inversée Oligo R3 sur le disque C18, puis insérer l'embout dans un adaptateur de centrifugation et placer l'adaptateur dans un tube microfuge de 1,5 millilitre. Ajouter 100 microlitres d'acétonitrile à 100 pour cent dans les embouts pour les laver.Ensuite, centrifuger les embouts à 1000 × g pendant une minute afin d'éliminer le solvant. Équilibrer les embouts avec 50 microlitres d'acide trifluoroacétique à 0,1 % ou TFA. Puis, les centrifuger à nouveau.Ajouter de l'acide formique à 100 % à l'échantillon de protéines digérées afin d'abaisser le pH à 2-3. Ensuite, charger l'échantillon sur une microcolonne confectionnée maison et centrifuger l'échantillon à 1000 × g pendant une minute jusqu'à ce que tout l'échantillon traverse la microcolonne. Laver les peptides liés avec 50 µL d'acide trifluoroacétique (TFA) à 0,1 %.Ensuite, après avoir centrifugé l'échantillon à 1000 ×g pendant une minute, éluerez les peptides en ajoutant 50 microlitres de tampon d'élution sur la pointe de colonne et centrifugerez à 1000 ×g pendant une minute afin de faire sortir le tampon d'élution de la pointe. Utilisez un centrifugeuse à vide réglée à 150 ×g et entre 1 et 3 kilopascals pendant une heure pour sécher l'échantillon. Pour éliminer l'ARN réticulé de l'échantillon, remettez en suspension le culot dans 50 microlitres de tampon de nucléase 2x.Mesurez la concentration en peptides à 280 nanomètres en supposant 1 milligramme par millilitre de peptides pour une A280 de 1. Utilisez du tampon nuclease 2x pour ajuster tous les échantillons à 1 milligramme par millilitre ou à la concentration la plus faible, puis préparez un mélange maître composé de 50 microlitres d'eau plus 1 microlitre de nuclease de haute pureté par échantillon. Mélangez 50 microlitres d'échantillon de peptide avec 50 microlitres d'eau plus le mélange maître contenant la nuclease.Ensuite, incuber l'échantillon à 37 degrés Celsius pendant une heure. Enfin, réaliser la chromatographie liquide nanométrique, la spectrométrie de masse et le traitement des données selon le protocole décrit dans le texte. Cette figure montre un graphique en volcan d'un résultat RBR id obtenu à partir de cellules souches embryonnaires de souris.Les peptides qui se chevauchent avec un domaine de motif de reconnaissance de l'ARN sont en bleu et montrent des niveaux de déplétion très cohérents. Un peptide liant l'ARN provenant de HNRNPC est mis en évidence en rouge. On voit ici une carte thermique des scores d'identité RBR, calculés comme une estimation de la probabilité de liaison à l'ARN d'une région protéique.Le score est projeté à la surface de la sous-unité spliceosomale U1-70k. La couleur rouge vif à proximité du contact avec l'ARN, tel que déterminé par la structure cristalline, indique une identification correcte de l'interaction protéine-ARN. Sur cette figure, TET2 est présenté comme une nouvelle protéine liant l'ARN, et l'activité de liaison à l'ARN est localisée dans une région C-terminale en traçant le score d'identification RBR le long de la séquence primaire de la protéine.Enfin, la nécessité de ce nouveau RBR pourrait être vérifiée en réalisant une PAR-CLIP en utilisant la séquence de type sauvage et en comparant le signal à celui d'un mutant dépourvu du RBR prédit. Une fois maîtrisée, cette technique peut être réalisée en sept à huit heures réparties sur deux jours, si elle est effectuée correctement. Avant la réticulation, les cellules peuvent être stimulées par divers traitements afin de répondre à des questions supplémentaires, comme : comment débute la différenciation ? ou comment le cycle cellulaire régule-t-il les interactions ARN-protéine ?Après avoir visionné cette vidéo, vous devriez bien comprendre comment produire des extraits contenant des complexes ARN-protéine réticulés afin d'identifier les sites d'interaction ARN-protéine par spectrométrie de masse.

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Transcrits d'ARN sont soumis à régulation post-transcriptionnelle vaste qui est médiée par une multitude d'action trans protéines liant l'ARN (pratiques commerciales restrictives). Nous présentons ici une méthode généralisable pour identifier précisément et à l'échelle du transcriptome à l'échelle des sites liaison à l'ARN de pratiques commerciales restrictives.

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Explorer l'espace de séquence pour identifier les sites de liaison pour les protéines de liaison de l'ARN réglementaires

Nous présentons un protocole détaillé de réparation de petite bibliothèque d'ARN avec moins de biais que les méthodes standard et une sensibilité accrue pour les ARN 2'-O-méthyle. Ce protocole peut être suivi à l'aide de réactifs faits maison pour économiser des coûts ou en utilisant des kits pour plus de commodité.

Améliorer l'ARN-seq : moins de biais et une meilleure détection des ARN 2'-O-Methyl

Ici, nous décrivons un protocole détaillé pour une méthode de séquençage basée sur la LC-MS qui peut être utilisée comme méthode directe pour séquencer l’ARN court (&lt;35 nt par exécution) sans intermédiaire d’ADNc, et comme méthode générale pour séquencer différentes modifications nucléotidiques dans une seule étude avec une précision de base unique.

2D-HELS MS Seq : une méthode générale basée sur LC-MS pour le séquençage direct et de novo de mélanges d’ARN avec différentes modifications nucléotidiques

La technologie MAPS a été développée pour examiner le targetome d’un ARN régulateur spécifique in vivo. L’ARN d’intérêt est marqué à l’aide d’un aptamère MS2 permettant la co-purification de ses partenaires ARN et leur identification par séquençage de l’ARN. Ce protocole modifié est particulièrement adapté aux bactéries à Gram positif.

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Le protocole fournit des instructions pour modifier l’ARN avec du sulfate de diméthyle pour les expériences de profilage mutationnel. Il comprend le sondage in vitro et in vivo avec deux méthodes alternatives de préparation de bibliothèque.

Criblage de la structure de l’ARN avec le profilage mutationnel du sulfate de diméthyle avec séquençage in vitro et dans les cellules

Apprenez à identifier les protéines liant l'ARN et cartographier leurs régions de liaison dans les cellules vivantes par photo-réticulation UV et spectrométrie de masse. Cette méthode sans purification permet d'étudier les interactions ARN-protéines en épigénétique.

Préparation de l’échantillon d’Identification basé sur la spectrométrie de masse des régions de liaison à l’ARN

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