Name: הדמיה וכימות של זיווג בסיסי RNA בין-מולקולריים באשכולות RNA במבחנה באמצעות דיווחי RNA ברוקולי מפוצל (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-29T16:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: למדו לזהות ולכמת זיווג בסיסי RNA בין-מולקולריים באשכולות RNA במבחנה באמצעות שיטת דיווח Broccoli מפוצלת. פרוטוקול זה מאפשר הערכה ישירה ומדויקת של אינטראקציות RNA באמצעות מיקרוסקופיה פלואורסצנטית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Jain, A., Vale, R. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+phase+transitions+in+repeat+expansion+disorders.">RNA phase transitions in repeat expansion disorders.</a> Nature. 546, 243-247 (2017).</li><li>Langdon, E. M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+structure+determines+specificity+of+a+polyQ-driven+phase+separation.">mRNA structure determines specificity of a polyQ-driven phase separation.</a> Science. 360, 922-927 (2018).</li><li>Tauber, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+RNA+condensation+by+the+DEAD-box+protein+eIF4A.">Modulation of RNA condensation by the DEAD-box protein eIF4A.</a> Cell. 180, 411-426 (2020).</li><li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+intermolecular+base+pairing+in+Drosophila+germ+granules+by+mRNA+folding+and+its+implications+in+fly+development.">Controlling intermolecular base pairing in Drosophila germ granules by mRNA folding and its implications in fly development.</a> Nat Commun. 16, 8135 (2025).</li><li>Van Treeck, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+self-assembly+contributes+to+stress+granule+formation+and+defining+the+stress+granule+transcriptome.">RNA self-assembly contributes to stress granule formation and defining the stress granule transcriptome.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 115, 2734-2739 (2018).</li><li>Bose, M., Rankovic, B., Mahamid, J., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+architectural+role+of+specific+RNA&#8211;RNA+interactions+in+oskar+granules.">An architectural role of specific RNA&#8211;RNA interactions in oskar granules.</a> Nat Cell Biol. 26, 1934-1942 (2024).</li><li>Jambor, H., Brunel, C., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimerization+of+oskar+3&#8242;+UTRs+promotes+hitchhiking+for+RNA+localization+in+the+Drosophila+oocyte.">Dimerization of oskar 3&#8242; UTRs promotes hitchhiking for RNA localization in the Drosophila oocyte.</a> RNA. 17, 2049-2057 (2011).</li><li>Majumder, S., Coupe, S., Fakhri, N., Jain, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-encoded+intermolecular+base+pairing+modulates+fluidity+in+DNA+and+RNA+condensates.">Sequence-encoded intermolecular base pairing modulates fluidity in DNA and RNA condensates.</a> Nat Commun. 16, 4258 (2025).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Condensates+in+RNA+repeat+sequences+are+heterogeneously+organized+and+exhibit+reptation+dynamics.">Condensates in RNA repeat sequences are heterogeneously organized and exhibit reptation dynamics.</a> Nat Chem. 14, 775-785 (2022).</li><li>Poudyal, R. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+sequence+and+structure+control+assembly+and+function+of+RNA+condensates.">RNA sequence and structure control assembly and function of RNA condensates.</a> RNA. 27, 1589-1601 (2021).</li><li>Smola, M. J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+2&#8242;-hydroxyl+acylation+analyzed+by+primer+extension+and+mutational+profiling+(SHAPE-MaP)+for+direct,+versatile+and+accurate+RNA+structure+analysis.">Selective 2&#8242;-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and mutational profiling (SHAPE-MaP) for direct, versatile and accurate RNA structure analysis.</a> Nat Protoc. 10, 1643-1669 (2015).</li><li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo.">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nat Methods. 14, 75-82 (2017).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theory+and+simulations+for+RNA+folding+in+mixtures+of+monovalent+and+divalent+cations.">Theory and simulations for RNA folding in mixtures of monovalent and divalent cations.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 116, 21022-21030 (2019).</li><li>Maity, H., Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Odd&#8211;even+disparity+in+the+population+of+slipped+hairpins+in+RNA+repeat+sequences+with+implications+for+phase+separation.">Odd&#8211;even disparity in the population of slipped hairpins in RNA repeat sequences with implications for phase separation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 120, e2301409120 (2023).</li><li>Liao, J. N., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+intermolecular+base+pairing+using+AMT+crosslinking+in+mammalian+cells+during+oxidative+stress.">Characterization of intermolecular base pairing using AMT crosslinking in mammalian cells during oxidative stress.</a> bioRxiv. , (2025).</li><li>Kirsch, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+streamlined+protocol+for+the+detection+of+mRNA&#8211;sRNA+interactions+using+AMT-crosslinking+in+vitro.">A streamlined protocol for the detection of mRNA&#8211;sRNA interactions using AMT-crosslinking in vitro.</a> Biotechniques. 67, 178-183 (2019).</li><li>Aw, J. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+mapping+of+eukaryotic+RNA+interactomes+reveals+principles+of+higher-order+organization+and+regulation.">In vivo mapping of eukaryotic RNA interactomes reveals principles of higher-order organization and regulation.</a> Mol Cell. 62, 603-617 (2016).</li><li>Alam, K. K., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+fluorescent+split+aptamer+for+visualizing+RNA&#8211;RNA+assembly+in+vivo.">A fluorescent split aptamer for visualizing RNA&#8211;RNA assembly in vivo.</a> ACS Synth Biol. 6, 1710-1721 (2017).</li><li>Conrad, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maximizing+transcription+of+nucleic+acids+with+efficient+T7+promoters.">Maximizing transcription of nucleic acids with efficient T7 promoters.</a> Commun Biol. 3, 439 (2020).</li><li>Imburgio, D., Rong, M., Ma, K., McAllister, W. T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+of+promoter+recognition+and+start+site+selection+by+T7+RNA+polymerase+using+a+comprehensive+collection+of+promoter+variants.">Studies of promoter recognition and start site selection by T7 RNA polymerase using a comprehensive collection of promoter variants.</a> Biochemistry. 39, 10419-10430 (2000).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li><li>Shanaa, O. A., Rumyantsev, A., Sambuk, E., Padkina, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+production+of+RNA+aptamers+and+nanoparticles:+problems+and+prospects.">In vivo production of RNA aptamers and nanoparticles: problems and prospects.</a> Molecules. 26, (2021).</li><li>Rangan, P., DeGennaro, M., Jaime-Bustamante, K., Coux, R. X., Martinho, R. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+and+spatial+control+of+germ-plasm+RNAs.">Temporal and spatial control of germ-plasm RNAs.</a> Curr Biol. 19, 72-77 (2009).</li><li>Trcek, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-independent+self-assembly+of+germ+granule+mRNAs+into+homotypic+clusters.">Sequence-independent self-assembly of germ granule mRNAs into homotypic clusters.</a> Mol Cell. 78, 941-950 (2020).</li><li>Lorenz, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ViennaRNA+package+2.0.">ViennaRNA package 2.0.</a> Algorithms Mol Biol. 6, 26 (2011).</li><li>Filonov, G. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broccoli:+rapid+selection+of+an+RNA+mimic+of+green+fluorescent+protein+by+fluorescence-based+selection+and+directed+evolution.">Broccoli: rapid selection of an RNA mimic of green fluorescent protein by fluorescence-based selection and directed evolution.</a> J Am Chem Soc. 136, 16299-16308 (2014).</li><li>Song, W., Strack, R. L., Svensen, N., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plug-and-play+fluorophores+extend+the+spectral+properties+of+Spinach.">Plug-and-play fluorophores extend the spectral properties of Spinach.</a> J Am Chem Soc. 136, 1198-1201 (2014).</li><li>Guet, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+Spinach-tagged+RNA+and+gene+localization+to+image+gene+expression+in+live+yeast.">Combining Spinach-tagged RNA and gene localization to image gene expression in live yeast.</a> Nat Commun. 6, 8882 (2015).</li><li>You, M., Litke, J. L., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+metabolite+dynamics+in+living+cells+using+a+Spinach-based+riboswitch.">Imaging metabolite dynamics in living cells using a Spinach-based riboswitch.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112, E2756-E2765 (2015).</li><li>Zinskie, J. A., Roig, M., Janetopoulos, C., Myers, K. A., Bruist, M. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live-cell+imaging+of+small+nucleolar+RNA+tagged+with+the+broccoli+aptamer+in+yeast.">Live-cell imaging of small nucleolar RNA tagged with the broccoli aptamer in yeast.</a> FEMS Yeast Res. 18, (2018).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>1M MgCl2</td><td>מיליפור סיגמא</td><td>M1028</td><td>משמש להכנת 10&times; בופר קיפול מחדש של RNA.</td></tr><tr><td>2M KCl</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM9640G</td><td>משמש להכנת 10&times; בופר קיפול מחדש של RNA.</td></tr><tr><td>50% PEG 8000</td><td>NEB</td><td>M0204S</td><td>רכיב בערכת ליגאזות RNA של T4; משמש כתגובת צפיפות מולקולרית ליצירת אשכולות RNA.&nbsp;</td></tr><tr><td>אתנול מוחלט, 200 proof</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>T038181000CS</td><td>משמש להכנת בופר שטיפת RNA.</td></tr><tr><td>פנול חומצי: כלורופורם, pH 4.5 (עם IAA, 125:24:1)</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM9722</td><td>משמש לטיהור RNA.</td></tr><tr><td>אמינואליל-UTP-Cy5</td><td>ג'נה ביוסיינס</td><td>NU-821-CY5</td><td>משמש לתיוג RNA במהלך שעתוק במבחנה.</td></tr><tr><td>זכוכית כיסוי עם תאים</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>155409PK</td><td>תא הדמיה לתגובות התקבצות RNA.</td></tr><tr><td>כלורופורם</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>C298-500</td><td>משמש לטיהור RNA.</td></tr><tr><td>DFHBI-1T</td><td>לוצ'רנה</td><td>410</td><td>משמש כפלואורופור לגילוי רטב RNA של ברוקולי באדמה.</td></tr><tr><td>DMSO</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>D12345</td><td>אנהידרוס; דרגת ביולוגיה מולקולרית; שימש להכנת DFHBI-1T.</td></tr><tr><td>ניקוי DNA & ערכת ריכוז</td><td>זימו</td><td>D4014</td><td>משמש לניקוי מוצרי DNA לפני שעתוק T7.</td></tr><tr><td>ערכת חילוץ ג'ל DNA</td><td>NEB</td><td>T1020L</td><td>משמש למיצוי ג'ל.</td></tr><tr><td>אמבטיה יבשה</td><td>Benchmark Scientific</td><td>BSH1001</td><td>משמש לחימום דגימות RNA בצינורות מיקרוצנטריפוגות.&nbsp;</td></tr><tr><td>פיג'י/ImageJ</td><td>NIH (המכונים הלאומיים לבריאות)</td><td>לא זמין</td><td>תוכנת ניתוח תמונות בקוד פתוח; משמש לכימות של עוצמת פלואורסצנציה וניתוח ROI.</td></tr><tr><td>מערכת אלקטרופורזה ג'ל&nbsp;</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>B2-BP</td><td>משמש להפעלת אלקטרופורזה בג'ל DNA.</td></tr><tr><td>צבע טעינת ג'ל, סגול (6&00;)</td><td>NEB</td><td>B7024S</td><td>משמש כצבע טעינה לאלקטרופורזה בג'ל DNA.</td></tr><tr><td>מיקרוסקופ תאורה מובנה מיידי</td><td>ויז-טק אינטרנשיונל</td><td>VT-iSIM</td><td>מיקרוסקופ קונפוקלי המסוגל לדמות פלואורסצנציה של GFP ו-Cy5.</td></tr><tr><td>איזופרופנול</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>327272500</td><td>משמש לטיהור RNA.</td></tr><tr><td>ערכת תמלול MEGAscript T7</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM1334</td><td>משמש לתמלול Invitro T7. הערכה כוללת תמיסות נוקלאוטידים (ATP, CTP, GTP, UTP) ו-DNase.</td></tr><tr><td>צינורות מיקרוצנטריפוגה</td><td>ג'נסי סיינטיפיק</td><td>22-284</td><td>צינור 1.5 מ"ל; משמש לאחסון תבניות DNA לשעתוק במבחנה, מוצרי RNA ואליקאוטים של תאי תפירם ו-DFHBI-1T.&nbsp; &nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>מיני-צנטריפוגה</td><td>Benchmark Scientific</td><td>Z763845</td><td>משמש לצנטריפוגה קצרה.</td></tr><tr><td>ספקטרופוטומטר Nanodrop One</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>13-400-518</td><td>ספקטרופוטומטר מיקרוווליום למדידת ריכוז ואיכותם של DNA ו-RNA.</td></tr><tr><td>מים ללא נוקלאז &nbsp;</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM9937</td><td>משמש להשעיה מחדש של כדורי RNA, הכנת בופרים לשטיפת RNA וקיפול מחדש, ודילול ספרמין ו-DFHBI-1T.</td></tr><tr><td>מחשבון מסה מולרית מקוון</td><td>ניו אינגלנד ביולאבס (NEB)</td><td>לא זמין</td><td>כלי מקוון המשמש לחישוב מסת RNA מכמות מולרית (למשל, pmol).</td></tr><tr><td>צינורות PCR מפוליפרופילן</td><td>קורנינג</td><td>3745</td><td>200 & mu; צינורות L PCR המשמשים ל-PCR, שעתוק חוץ-גופי ותגובות אשכולות RNA</td></tr><tr><td>ספק כוח בסיסי של PowerPac</td><td>ביו-רד</td><td>1645050</td><td>משמש להפעלת אלקטרופורזה בג'ל DNA.</td></tr><tr><td>מחזור תרמי Proflex PCR</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>44-840-73</td><td>משמש ל-PCR, שעתוק חוץ-גופי וחימום דגימות RNA בצינורות PCR.</td></tr><tr><td>רבעון 5 High-Fidelity 2&times; מאסטר מיקס</td><td>NEB</td><td>M0492S</td><td>משמש כ-2&times; מיקס מאסטר באיכות גבוהה.</td></tr><tr><td>צנטריפוגה מקוררת &nbsp;</td><td>אפנדורף</td><td>5424R</td><td>משמש לטיהור RNA ופלטינג.</td></tr><tr><td>תמיסת ניקוי זיהום RNase</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>AM9782</td><td>משמש לניקוי ספסלי מעבדה ומשטחים כדי למזער זיהום RNase.</td></tr><tr><td>Spermine&nbsp; טטרהידרוקלוריד</td><td>סיגמא-אלדריץ'</td><td>S1141-1G</td><td>משמש להשראת אשכולות RNA.</td></tr><tr><td>בסיס טריס</td><td>מיליפור סיגמא</td><td>T1503-1KG</td><td>משמש להכנת בופר טריס (pH 7.0).</td></tr><tr><td>אגרוז אולטרטהור</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק&nbsp;</td><td>16500500</td><td>משמש לאלקטרופורזה של ג'ל DNA.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

הדמיה וכימות של זיווג בסיסי rna בין-מולקולריים באשכולות rna במבחנה באמצעות דיווחי rna ברוקולי מפוצל

Visualization and Quantification of Intermolecular RNA Base Pairing in in vitro RNA Clusters Using Split Broccoli RNA Reporters

הדמיה וכימות של זיווג בסיסי RNA בין-מולקולריים באשכולות RNA במבחנה באמצעות דיווחי RNA ברוקולי מפוצל

RNA clustering, driven by multivalent intermolecular RNA&#8211;RNA interactions, can occur in vitro in the absence of proteins. While chemical probing and ...

visualization-quantification-intermolecular-rna-base-pairing-in-vitro

Research

JoVE Journal

Biology

בשל האופי החולף של mRNA מראש, זה יכול להיות קשה לבודד...

שיטה מהירה תפוקה גבוהה עבור Ribonucleoproteins מיפוי (RNPs) על mRNA מראש אדם

כאן אנו מציגים פרוטוקול לנתח אינטראקציות RNA / חלבון. Assay ניידות electrophoretic המשמרת (Emsa) מבוסס על הגירת ההפרש של מתחמי RNA / חלבון ו- RNA ללא תשלום במהלך ג'ל אלקטרופורזה ילידים. באמצעות בדיקה RNA רדיואקטיבי, יכולים להיות דמיינו מתחמים / חלבון RNA על ידי autoradiography.

Shift electrophoretic הניידות Assay (Emsa) לחקר RNA אינטראקציות חלבון: IRE / IRP דוגמא

כאן, אנו מפרטים את השיטה של S equen של P סורלן crosslinked, L igated, ו S נבחר H ybrids (SPLASH), אשר מאפשר מיפוי גנום רחב של interramolecular ו intermolecular RNA-RNA אינטראקציות in vivo . SPLASH ניתן ליישם את המחקר RNA אינטראקציות של אורגניזמים כולל שמרים, חיידקים ובני אדם.

מיפוי RNA-RNA אינטראקציות גלובלי באמצעות Psoralen Biotinylated

אנו מתארים פרוטוקול כדי לזהות רנ א מחייב חלבונים ולמפות אזורים מחייב RNA שלהם ב תאים חיים באמצעות photocrosslinking בתיווך UV וספקטרומטר מסה.

הכנת הדוגמא לזיהוי מבוססי ספקטרומטר מסה של RNA-איגוד אזורים

מוטגנזה היא טכניקה המשמשת להציג מוטציות ספציפיות חומצה deoxyribonucleic (DNA). פרוטוקול זה מתאר איך לעשות מוטגנזה בצעד 2, 3-צעד תגובת שרשרת פולימראזית (PCR) המבוסס על הגישה, אשר חלים על כל מקטע DNA עניין.

מוטגנזה עבור במבחנה, בניסויים Vivo ביטוי עם אינטראקציות RNA ב- Escherichia Coli

בשיטה זו, אנו מכמת את הזיקה המחייב של מאגד כריכת RNA (rbps) כדי קנצוני ואתרי כריכה שאינם קנצוני באמצעות שיטה פשוטה, לחיות, העיתונאי בתאי חיידקי. השיטת היסוד מבוססת על דיכוי של גן עיתונאי.

שיטת בדיקת מעטפת חלבון-RNA כריכת חיידקים

הפרוטוקול מציג שתי שיטות לקביעת הקינטיקה של הרנ"א הפלואורוגני אפטאמרים תרד2 וברוקולי. השיטה הראשונה מתארת כיצד למדוד קינטיקה פלואורוגנית של אפטמר במבחנה באמצעות קורא צלחת, ואילו השיטה השנייה מפרטת את מדידת הקינטיקה הפלואורוגנית של אפטמר בתאים על ידי ציטומטריה של זרימה.

קביעת קינטיקה במבחנה והפעלה תאית עבור אפטאמרים של RNA פלואורוגניים

הפרוטוקול מספק הוראות לשינוי RNA עם דימתיל סולפט לניסויים בפרופיל מוטציות. הוא כולל בדיקה במבחנה ו - in vivo עם שתי שיטות הכנה חלופיות לספרייה.

בדיקת מבנה RNA עם פרופיל מוטציה של דימתיל סולפט עם ריצוף במבחנה ובתאים

הקמנו מבחן הכלאה דופלקס באתרו למיפוי איזופורמים של קולטני אינסולין IR-A ו-IR-B במקלעת הכורואיד של העכבר, תוך התגברות על מגבלות השיטות המסורתיות. גישה ברזולוציה גבוהה זו חושפת ביטוי ספציפי לאיזופורמים, ומציעה תובנות חדשות לגבי איתות אינסולין במוח וטיפולים ממוקדי איזופורמים פוטנציאליים להפרעות נוירולוגיות.

הדמיה מדויקת של קולטני אינסולין A ו-B במוח עכברים עם בדיקת היברידיזציה של RNA באתרו

כאן, אנו מציגים פרוטוקול ללכידת אינטראקציות בין DNA-DNA כרומטין ל-RNA למיפוי ארגון הגנום התלת-ממדי הקשור ל-RNA.

שיטת האינטראקציה של כרומטין DNA-DNA המקושר ל-RNA

למדו לזהות ולכמת זיווג בסיסי RNA בין-מולקולריים באשכולות RNA במבחנה באמצעות שיטת דיווח Broccoli מפוצלת. פרוטוקול זה מאפשר הערכה ישירה ומדויקת של אינטראקציות RNA באמצעות מיקרוסקופיה פלואורסצנטית.

הדמיה וכימות של זיווג בסיסי RNA בין-מולקולריים באשכולות RNA במבחנה באמצעות דיווחי RNA ברוקולי מפוצל

גלה סרטונים נוספים