このプロトコルは間質性肺疾患や肺高血圧症を例に用い、ビブリオメトリクスとバイオインフォマティクスを統合して、それらの研究動向、ホットスポット、主要ターゲット、関連経路を体系的かつ予備的に探求します。このプロトコルはプロンプトを変更することで、あらゆる疾患ペアの解析にも応用可能でした。
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このプロトコルは間質性肺疾患や肺高血圧症を例に用い、ビブリオメトリクスとバイオインフォマティクスを統合して、それらの研究動向、ホットスポット、主要ターゲット、関連経路を体系的かつ予備的に探求します。このプロトコルはプロンプトを変更することで、あらゆる疾患ペアの解析にも応用可能でした。
間質性肺疾患(ILD)と肺高血圧症(PH)は併存することが多いため、臨床結果が悪く治療選択肢が限られています。重要な研究ホットスポットの特定と主要な併存疾患の標的を明らかにすることは、疾患管理の改善と新規治療戦略の開発に不可欠です。このプロトコルはWeb of ScienceのCore CollectionおよびScopusデータベースから関連論文を取得し、CiteSpaceとVOSviewerを用いて研究のホットスポットや変化する傾向をマッピングします。その後、GeneCardsデータベースから両疾患に関連する重複する遺伝的標的を特定します。STRINGを用いてハブ遺伝子を同定するためにタンパク質間相互作用ネットワークを構築し、R言語を用いてKEGG経路濃縮解析を行って主要なシグナル伝達経路を明らかにします。結果は、文献計量学がこの学際的分野の発展の軌跡をマクロな視点から特定していることを示しています。バイオインフォマティクス解析により、FN1、IL6、TNFが潜在的なコア併存疾患標的であることが明らかになりました。KEGG濃縮解析は、PI3K-AktおよびMAPKを中心とした免疫関連経路が併存疾患の病因に深く関与していることを示しています。このプロトコルは両アプローチを統合することで、ILD-PH併存疾患研究における発達の軌跡と研究ホットスポットを体系的に明確にし、潜在的な併存疾患の標的や経路を予備的にスクリーニングします。将来の実験研究および臨床検証のための方向性と計算的基盤を提供します。この統合的な枠組みは、他の複雑な疾患併存症の研究にも適用可能な再現性のある方法論を提供します。
間質性肺疾患(ILD)は、肺間質の炎症および線維化を病理学的に特徴とする広まる肺疾患の一群を指します。病変の進行過程では、複数の併存症によって複雑化することが多く、その中でも肺高血圧症(PH)は予後に大きな影響を与える一般的な併存疾患の一つです1,2。疫学的データによると、ILD患者のPHの発生率はサブタイプや病期によって13%から86%の範囲で変動します。3,4,5。この併存疾患は患者の生活の質を大幅に低下させ、死亡リスクを高めるだけでなく、社会経済的および医療的負担を悪化させます 6,7。肺動脈高血圧症とは対照的に、間質性肺疾患関連肺高血圧症の病因はより複雑で、低酸素性肺血管収縮、線維化性および炎症因子介在性血管再構築、細胞外マトリックス沈着など複数の病理的過程を含みます 8,9,10.現時点では、この併存疾患の臨床診断および治療戦略は比較的限られており、特定の標的薬も不足しています。その基礎となる分子メカニズム、主要なシグナル伝達経路、初期バイオマーカーはまだ体系的に解明されていません(11,12)。
研究の焦点や進化の軌跡を検出する客観的なツールとして、近年文献計量学は広く応用されています13,14。バイオインフォマティクス解析は、既に発見された疾患関連標的を統合することで主要な標的とコア経路を特定します15。併存疾患研究においては、巨視的な研究ホットスポットと分子レベルの経路や標的情報を統合することで、併存症メカニズムの理解を深め、その後の実験研究における計算予測や方向性の指針を提供します。しかし、間質性肺疾患と肺高血圧症の併存に関する研究は、マクロな知識マッピングと微視的な分子ネットワークを組み合わせた体系的な統合解析がまだ不足しています。したがって、本研究はWeb of Scienceコアコレクション(WoSCC)およびScopusデータベースを用いて、文献計量学的手法を用いてILD-PH併存疾患研究の発展軌跡と研究ホットスポットを包括的に概説しました。同時に、バイオインフォマティクスツールを用いて共存疾患に関連するコア遺伝子や潜在的な分子経路を特定し、その後の実験研究やターゲット的探索のための候補分子基盤と実験設計の方向性を提供しました。
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この研究では、GeneCards、STRING、KEGGなどの公開されている二次データベースを使用しました。 中国のヒト遺伝資源規則第32条によれば、これらのデータベースは中国国内でヒト遺伝資源を直接収集するものではありません。したがって、本研究には倫理的承認やインフォームド・コンセントは必要ありませんでした。 このセクションで使用されるソフトウェアおよびプラットフォームの詳細なバージョン情報は 、材料表に記載されています。
1. 文献の収集と整理
2. 年間出版量の傾向分析
3. 国内・地域出版成果と国際協力分析
4. ジャーナル出版成果と引用分析
5. 高生産性著者協力ネットワーク分析
6. キーワード共生とテーマ進化分析
7. 参考文献共引用分析
8. PPIネットワーク解析
9. KEGG経路濃縮解析
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データ検索とスクリーニング
合計で2,400件の記録がScopusデータベースから収集され、696件がWoSCCデータベースで特定されました。2つのデータセットを統合し、533件の重複記録を削除した後、最終的に合計2,563件のユニークな論文が後続の文献計量分析のために含まれました(図1)。
年間出版物の傾向
2016年から2025年までの間質性肺疾患および肺高血圧症分野における年間論文発表量は 図2に示されています。10年間で、論文数は変動する増加傾向を示しました。最初の4年間は比較的安定していましたが、その後2020年から2022年、2023年から2025年にかけて急激な増加が続き、それぞれ2022年と2025年に2...
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本研究は、ILDとPHの併存症を探るために、文献計量学とバイオインフォマティクスを統合的に応用した初の例です。過去10年間のこの分野の発達の軌跡、知識構造、最先端トレンドを体系的にレビューし、分子レベルでこの併存状態の基盤となるハブ遺伝子と主要なシグナル伝達経路を特定しています。マクロトレンドの観点から見ると、この分野の年間論文数は2016年の142件から2025年には402件に増加し、ほぼ3倍の増加を示しており、ILD-PH併存症に対する学術的関心の持続的な増加を反映しています。2020年から2022年および2023年から2025年の2つの期間に大きな急増が観察されました。成長の転換点は2020年頃で、COVID-19パンデミックと重なった。パンデミックがILDやPHの誘発または悪化を通じて、関連研究の急増を間接的に促進した可能性があります。2022年から2023年のピークは、PH-ILD治療法の探索、検証、臨床的初期応用の増加に起因すると考えられます 29,30,31。
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著者らは本研究に利益相反はないと報告しています。
著者らは、非感染性慢性疾患国家科学技術主要プロジェクト(2024ZD0522300、2024ZD0522301)および中国医学科学院非営利中央研究所基金(2022-ZHCH330-01)からの財政支援に感謝いたします。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| ビブリオメトリックオンライン分析プラットフォーム | K-Synth Srl (ビブリオメトリック) | https://bibliometric.com | オンライン分析プラットフォーム; モジュール: 国別関係; 国別協力コード図を生成; 2026年3月10日アクセス |
| CiteSpace | Drexel University | 6.4.R1 | ビブリオメトリック分析; 時間スライス: 2016〜2025; ノードタイプ: キーワード、参照; 剪定: Pathfinder + Pruning sliced networks |
| clusterProfiler (Rパッケージ) | Guangchuang Yu et al. | 4.13.2 | KEGGエンリッチメント分析; 閾値: p < 0.05, q < 0.2 |
| Cytoscape | Cytoscape Consortium | 3.10.3 | ネットワークの可視化と分析; プラグイン: CytoHubba; アルゴリズム: 度中心性; ハブ遺伝子識別に使用 |
| GeneCards | Weizmann Institute of Science | https://www.genecards.org | 遺伝子情報データベース; データベースバージョン 5.22; 2026年3月12日アクセス; フィルタリング基準: 関連性スコア ≥ 1 |
| Journal Citation Reports (JCR) | Clarivate Analytics | https://jcr.clarivate.com | ジャーナルインパクトファクターおよび四分位数取得; 2026年3月9日アクセス |
| KEGG | Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes | https://www.kegg.jp | 経路データベース; 2026年3月13日 clusterProfiler API 経由アクセス; 種: hsa |
| MeSHデータベース | National Library of Medicine (NLM) | https://meshb.nlm.nih.gov | MeSH用語クエリデータベース; 2026年3月9日アクセス; 検索戦略の構築に使用 |
| Microsoft Excel | Microsoft Corporation | 16.88 (Microsoft 365) | データ統計とグラフ生成; 出版数カウント、重複除去、グラフ作成に使用 |
| org.Hs.eg.db (Rパッケージ) | Bioconductor Core Team | 3.20.0 | ヒトゲノムアノテーションデータベース; 遺伝子ID変換に使用 |
| R | R Core Team | 4.4.2 | 統計計算とプロット環境; 実行日: 2026年3月13日 |
| Scimago Graphica | Scimago Lab | 2 | 可視化ツール; レイアウト: 地図投影; エッジ曲率: 0.5; カラーマッピング: クラスター別 |
| Scopus | Elsevier | https://www.scopus.com | 文献取得データベース; Elsevier Scopus 2026 完全版; 取得日: 2026年3月9日 |
| STRING | EMBL | 12.0 / https://cn.string-db.org | タンパク質-タンパク質相互作用データベース; 2026年3月12日アクセス; 相互作用スコア閾値: 0.7 (高信頼); ネットワークタイプ: 物理的 + 機能的 |
| VOSviewer | Leiden University | 1.6.20 | ビブリオメトリック分析; 分析タイプ: 共著; 正規化方法: 関連強度 |
| Web of Science Core Collection | Clarivate Analytics | https://www.webofscience.com | 文献取得データベース; SCIE と SSCI サブデータベースをカバー; 取得日: 2026年3月9日 |
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