Name: 遺伝子および組織特異的エンハンサーを選択するためのWebベースのワークフロー (動画) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-07-18T13:10:10.000+00:00
Duration: 8 min 12 s
Description: 学ぶ、ウェブベースのツールを用いて遺伝子エンハンサーを同定するコーディング不要のワークフロー。公開ヒストン修飾データとHi-Cデータを活用し、プログラミングスキルなしで組織特異的な調節要素を探索できます。

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<ol><li>Barral, A., Déjardin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chromatin+signatures+of+enhancers+and+their+dynamic+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">The chromatin signatures of enhancers and their dynamic regulation.</a> Nucleus. 14 (1), 2160551(2023).</li>
<li>Pennacchio, L. A., Bickmore, W., Dean, A., Nobrega, M. A., Bejerano, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers%3A+five+essential+questions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancers: five essential questions.</a> Nat Rev Genet. 14 (4), 288-295 (2013).</li>
<li>Kleinjan, D. A., van Heyningen, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Long-range+control+of+gene+expression%3A+emerging+mechanisms+and+disruption+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Hum+Genet%22%5BJournal%5D)">Long-range control of gene expression: emerging mechanisms and disruption in disease.</a> Am J Hum Genet. 76 (1), 8-32 (2005).</li>
<li>Kvon, E. Z., Waymack, R., Gad, M., Wunderlich, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+redundancy+in+development+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Enhancer redundancy in development and disease.</a> Nat Rev Genet. 22 (5), 324-336 (2021).</li>
<li>Smith, E., Shilatifard, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+biology+and+enhanceropathies%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Struct+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Enhancer biology and enhanceropathies.</a> Nat Struct Mol Biol. 21 (3), 210-219 (2014).</li>
<li>Sur, I., Taipale, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+enhancers+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Cancer%22%5BJournal%5D)">The role of enhancers in cancer.</a> Nat Rev Cancer. 16 (8), 483-493 (2016).</li>
<li>Panigrahi, A., O'Malley, B. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanisms+of+enhancer+action%3A+the+known+and+the+unknown%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Mechanisms of enhancer action: the known and the unknown.</a> Genome Biol. 22 (1), 108(2021).</li>
<li>Bulger, M., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+and+mechanistic+diversity+of+distal+transcription+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Functional and mechanistic diversity of distal transcription enhancers.</a> Cell. 144 (3), 327-339 (2011).</li>
<li>Krivega, I., Dean, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancer+and+promoter+interactions-long+distance+calls%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Genet+Dev%22%5BJournal%5D)">Enhancer and promoter interactions-long distance calls.</a> Curr Opin Genet Dev. 22 (2), 79-85 (2012).</li>
<li>Zhang, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+connectivity+maps+reveal+dynamic+promoter-enhancer+long-range+associations%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Chromatin connectivity maps reveal dynamic promoter-enhancer long-range associations.</a> Nature. 504 (7479), 306-310 (2013).</li>
<li>Fang, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+of+long-range+chromatin+interactions+by+proximity+ligation-assisted+ChIP-seq%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Res%22%5BJournal%5D)">Mapping of long-range chromatin interactions by proximity ligation-assisted ChIP-seq.</a> Cell Res. 26 (12), 1345-1348 (2016).</li>
<li>Park, P. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIP-seq%3A+advantages+and+challenges+of+a+maturing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology.</a> Nat Rev Genet. 10 (10), 669-680 (2009).</li>
<li>Thurman, R. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+accessible+chromatin+landscape+of+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The accessible chromatin landscape of the human genome.</a> Nature. 489 (7414), 75-82 (2012).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinct+and+predictive+chromatin+signatures+of+transcriptional+promoters+and+enhancers+in+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Distinct and predictive chromatin signatures of transcriptional promoters and enhancers in the human genome.</a> Nat Genet. 39 (3), 311-318 (2007).</li>
<li>Visel, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ChIP-seq+accurately+predicts+tissue-specific+activity+of+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">ChIP-seq accurately predicts tissue-specific activity of enhancers.</a> Nature. 457 (7231), 854-858 (2009).</li>
<li>Belton, J. -M., McCord, R. P., Gibcus, J. H., Naumova, N., Zhan, Y., Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hi-C%3A+a+comprehensive+technique+to+capture+the+conformation+of+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Hi-C: a comprehensive technique to capture the conformation of genomes.</a> Methods. 58 (3), 268-276 (2012).</li>
<li>de Wit, E., de Laat, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+decade+of+3C+technologies%3A+insights+into+nuclear+organization%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization.</a> Genes Dev. 26 (1), 11-24 (2012).</li>
<li>Gao, T., Qian, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EnhancerAtlas+2.0%3A+an+updated+resource+with+enhancer+annotation+in+586+tissue%2Fcell+types+across+nine+species%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with enhancer annotation in 586 tissue/cell types across nine species.</a> Nucleic Acids Res. 47 (D1), D117-D123 (2019).</li>
<li>Erwin, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+diverse+datasets+improves+developmental+enhancer+prediction%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Integrating diverse datasets improves developmental enhancer prediction.</a> PLoS Comput Biol. 10 (6), e1003677(2014).</li>
<li>Heintzman, N. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+modifications+at+human+enhancers+reflect+global+cell-type-specific+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression.</a> Nature. 459 (7243), 108-112 (2009).</li>
<li>Spicuglia, S., Vanhille, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chromatin+signatures+of+active+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleus%22%5BJournal%5D)">Chromatin signatures of active enhancers.</a> Nucleus. 3 (2), 126-131 (2012).</li>
<li>Borsari, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enhancers+with+tissue-specific+activity+are+enriched+in+intronic+regions%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Enhancers with tissue-specific activity are enriched in intronic regions.</a> Genome Res. 31 (8), 1325-1336 (2021).</li>
<li>Smemo, S., Campos, L. C., Moskowitz, I. P., Krieger, J. E., Pereira, A. C., Nobrega, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulatory+variation+in+a+TBX5+enhancer+leads+to+isolated+congenital+heart+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Hum+Mol+Genet%22%5BJournal%5D)">Regulatory variation in a TBX5 enhancer leads to isolated congenital heart disease.</a> Hum Mol Genet. 21 (14), 3255-3263 (2012).</li>
<li>Boogerd, C. J., Evans, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TBX5+and+NuRD+divide+the+heart%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Cell%22%5BJournal%5D)">TBX5 and NuRD divide the heart.</a> Dev Cell. 36 (3), 242-244 (2016).</li>
<li>Dickel, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+compendium+and+functional+assessment+of+in+vivo+heart+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Genome-wide compendium and functional assessment of in vivo heart enhancers.</a> Nat Commun. 7 (1), 12923(2016).</li>
<li>Pennacchio, L. A., Visel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Limits+of+sequence+and+functional+conservation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Limits of sequence and functional conservation.</a> Nat Genet. 42 (7), 557-558 (2010).</li>
<li>Local, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+H3K4me1-associated+proteins+at+mammalian+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Identification of H3K4me1-associated proteins at mammalian enhancers.</a> Nat Genet. 50 (1), 73-82 (2018).</li>
<li>Creyghton, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K27ac+separates+active+from+poised+enhancers+and+predicts+developmental+state%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Histone H3K27ac separates active from poised enhancers and predicts developmental state.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 107 (50), 21931-21936 (2010).</li>
<li>Visel, A., Minovitsky, S., Dubchak, I., Pennacchio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((VISTA+Enhancer+Browser-a+database+of+tissue-specific+human+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">VISTA Enhancer Browser-a database of tissue-specific human enhancers.</a> Nucleic Acids Res. 35 (Database), D88-D92 (2007).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>コンピュータワークステーション</td><td>該当なし</td><td>該当なし</td><td>Webブラウザ対応コンピュータ、Windows/Mac/Linuxオペレーティングシステム</td></tr><tr><td>4DNデータポータル</td><td>4DNデータポータル</td><td>https://data.4dnucleome.org/</td><td></td></tr><tr><td>銀河</td><td>銀河</td><td>https://usegalaxy.org/published/history?id=aff5db4e07064445</td><td></td></tr><tr><td>Github(英語)</td><td>Github(英語)</td><td>https://github.com/Ramialison-Lab/EnhancerWorkflow</td><td></td></tr><tr><td>ビスタ&nbsp;</td><td>VISTA心臓エンハンサーブラウザ</td><td>https://portal.nersc.gov/dna/RD/heart/</td><td></td></tr></tbody></table>

遺伝子および組織特異的エンハンサーを選択するためのwebベースのワークフロー

A Web-Based Workflow for Selecting Gene- and Tissue-Specific Enhancers

提示されたプロトコルの使用を説明するために、ヒトの心臓における TBX5 遺伝子を調査し、H3K4me1、H3K27ac、およびHi-Cデータを含む包括的なワークフローを使用して TBX5関連エンハンサーを探索しました。 TBX5 は、四肢および心臓の発達に寄与する遺伝子であり、これには4つの心室の形成および中隔分離24が含まれる。この遺伝子の変異は、四肢の異常や中隔欠損症を含む先天性心疾患(CHD)を引き起こすホルト・オラム症候群(HOS)の主な原因である24。 TBX5関連心臓エンハンサーの変異は、CHD24に重大な影響を与える可能性があります。以前の研究では、ヒト心臓特異的組織において3つの既知の TBX5 エンハンサー、すなわち「エンハンサー2」、「エンハンサー9」、および「エンハンサー16」(補足ファイル2)が発見され、これらはトランスジェニックマウス23において比較表現型を有することが実証された。
ヒトでは、TBX5の下流と上流に隣接する2つの遺伝子であるRBM19とTBX3の間のH3K4me1およびH3K27acに富む領域を調査し、TBX5遺伝子座の推定エンハンサーを取り出しました(図1、図2)。心臓特異的エンハンサーを同定するために、心筋細胞が選択されました。推定されるTBX5心臓エンハンサー領域を座標として取得し(chr12:開始-終了)、H3K4me1およびH3K27acの両方の22の関連領域を同定しました(図3および補足ファイル3)。推定されるTBX5心臓エンハンサーをEnsEMBLゲノムデータベースから取得し、4DNucleomeデータベースに保持されているHi-Cデータを相互参照しました(図4)。これは、潜在的なエンハンサーとTBX5心臓プロモーターとの間の可能な相互作用を測定するために行われました。ここで述べるプロトコールに従って、22のゲノム領域のうち21が心筋細胞のTBX5プロモーター(chr12: 114400143-114410103)と相互作用することが確認されました(補足ファイル4)。プロモーターとの物理的相互作用がなかった領域が1つありました(図4、ステップ4.8)。最後に、我々は、このプロトコルを、これらの生物学的に検証されたエンハンサーおよび心臓エンハンサーの現在のゴールドスタンダードデータベースであるVISTA Cardiac Enhancers Browserと比較し、データベース25によって現在捕捉されていない追加のエンハンサーを明らかにした。
ここで紹介したプロトコルで取得した21種類のTBX5エンハンサーと既存のデータベースとの比較を行いました。VISTA Cardiac Enhancer Browser (Supplementary File 5)25から4つのTBX5エンハンサーを回収した。VISTAで同定された4種類の心臓エンハンサーのうち、3種類のエンハンサー、hs2329、mm1282、およびm370は、このウェブベースのエンハンサー検出プロトコルで同定された領域と重複していました(図5)。また、予測された各エンハンサーは、Smemo et al.23、Enhancer 2(chr12:114025907-114026275、GRCh38)、およびEnhancer 16(chr12:114415466-114420433、GRCh38)の以前に実験的に検証されたエンハンサーとゲノム領域を共有していましたが、Enhancer 9(chr12:114263402-114266886、GRCh38)との重複は見られませんでした。VISTAで同定されたエンハンサーの1つであるhs498は、このプロトコルまたはSmemoらの実験的に検証されたエンハンサー23(図5)によって予測されたエンハンサーと重複しませんでした。ただし、その領域はH34Kme1マーク(図5)と部分的に重複していました(図5)。同様に、Enhancer 9は、このパイプラインによって予測されたエンハンサーと重複しませんでしたが、H3K4me1マークに関連付けられていました(図5)。
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66840/66840fig1.jpg"> 
図1:EnsEMBL Genome BrowserでGoIを見つけるためのステップバイステップガイド。 ユーザーはまずEnsEMBLホームページ(1.1)を開き、種(Human)を選択し、検索バー(1.2-1.3)に遺伝子を入力します。結果のリストから適切な遺伝子IDが選択され(1.4)、遺伝子サマリーページが開きます。次に、 ユーザーは Region in Detail ハイパーリンク (1.5) をクリックして、隣接する要素や調節機能など、GoI を取り巻くゲノム領域を視覚化します。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/66840fig1large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66840/66840fig2.jpg"> 
図2:EnsEMBL Genome Browserを使用したGoI周辺のエンハンサー検出領域の定義。 エンハンサー検出領域を定義するには、 GENcodeトラックのBasic Gene Annotations を使用して、GoIに隣接する2つの隣接する遺伝子を特定します。ここで、遺伝子は、統合されたEnsEMBL/Havanaアノテーションでラベル付けされた濃い黄色のブロックとして表示されます。各遺伝子の転写方向は、遺伝子名(2.1)の隣に矢印(&lt; または &gt;)で示されます。隣接する遺伝子間の遺伝子間領域を選択するには、関心のある領域をクリックしてドラッグし、ポップアップボックスで [領域にジャンプ ]を選択してズームインします(2.2)。規制またはエンハンサー関連の注釈を追加するには、[ トラックの追加/削除 ](2.3)をクリックします。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/66840fig2large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66840/66840fig3v2.jpg"> 
図3:EnsEMBL Genome Browserを使用したエンハンサー検出領域のヒストン修飾トラックの構成。 左のツールバーで、 Configure this page (3.1)をクリックしてトラック設定パネルにアクセスし、Regulationセクション(3.2)の「Activity by Cell/Tissue」に移動します。開いたタブで、[Experiments]セクション(3.3)を選択し、[Cell/Tissue]検索バーを使用して目的の組織(心筋細胞)を見つけて選択します(3.4)。ヒストンマークパネル(3.5)で、H3K4me1とH3K27acをアクティブエンハンサーマークとして、H3K4me3をプロモーターマークとして有効にし、「トラック表示の設定」(3.6)をクリックします。トラックの選択を確認したら、「View tracks」(3.7)をクリックしてゲノムビューアに戻ります。ヒストンマークのピークは、検出領域(3.8)の対応する組織ラベル(黄色:H3K4me1、青:H3K27ac、オレンジ:H3K4me3)の下に色付きのブロックとして表示されるようになりました。"Hists &amp; Pols" ポップアップには、塩基対 (chr:start-end) で領域のゲノム座標が含まれており、これをコピーしてダウンストリーム解析のために保存できます。トラック内の色付きの要素をクリックすると、「Hists &amp; Pols」のポップアップが表示されます。ポップアップには、領域のゲノム座標が塩基対で含まれており(例:プロモーター領域の場合はchr12:11443450-114451611)、これをコピーして保存してダウンストリーム解析に役立てることができます(3.8)。同様に、候補エンハンサーを抽出するには、トラック間のピークとボックスの垂直方向の配置で示されるように、H3K4me1 と H3K27ac のピークが重なる領域に優先順位を付けます (3.9)。重なり合う領域は、ボックスをクリックするか、整列したピークを手動でクリックしてドラッグし、領域を定義することで直接選択できます(例:アクティブな候補領域の場合はchr12:114400143-114410103)。ポップアップに表示される座標は、ダウンストリームの検証または視覚化のために BED 形式で保存する必要があります。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/66840fig3large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66840/66840fig4v2.jpg"> 
図4:4D Nucleome Data PortalのHi-Cヒートマップを使用したプロモーター-エンハンサークロマチン相互作用の可視化。 4D Nucleome Data Portalのホームページには、生物別の利用可能な実験タイプをまとめた積み上げ棒グラフが表示されます。ヒトサンプルの「in situ Hi-C」データセットは、バーの対応するセクション(4.1)をクリックして選択します。関連するデータセットのフィルタリングされたリストが表示されます。心筋芽細胞に分化したH9細胞に由来するHi-Cデータセットが選択されます(4.2)。選択したデータセット(4.3)は、 HiGlassブラウザの[データの探索 ]ボタン(4.4)で開きます。関心のあるゲノム領域が座標ボックス(4.5)に入力され、接触マトリックスが色でスケーリングされたヒートマップとしてレンダリングされます。暗い色(濃い赤から黒)はクロマチン接触周波数が強いことを示し、明るい色(白からオレンジ)は相互作用が弱いことを表します。水平方向のルールはプロモーター座標に配置され、垂直方向のルールは実験的に検証された3つのコントロールエンハンサーの位置に描画されます(4.6)。これらの交差は、プロモーターとエンハンサーの接触(4.7)の中で最も強い可視信号(最も暗い色)によって設定される厳密な相互作用閾値を定義するために使用されます。H3K27acおよびH3K4me1とマークされたエンハンサーの候補の位置に追加の垂直ルールが描かれます(ステップ3.8から)。プロモーターとエンハンサーの交差がしきい値以上である候補は保持され、信号が弱い (明るい色の四角形) 候補は除外されます (4.8)。保持された座標は手動で抽出され、下流解析のためにBED形式で保存されます。(a. エンハンサー 2、b. エンハンサー 9、c. エンハンサー 16) <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/66840fig4large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66840/66840fig5.jpg"> 
図5:予測された TBX5 エンハンサーとVISTA検証済みの心臓エンハンサーおよびコントロールエンハンサーを比較したゲノムブラウザビュー。 ゲノムブラウザのスナップショットは、ウェブベースのプロトコルで取得された予測エンハンサー(下)とVISTA検証済みのエンハンサー(上)および実験的に検証されたコントロールエンハンサー(中央)を比較したエンハンサー検索範囲(STEP 2)を表示します。メインパネルには、心筋細胞特異的なH3K4me1(黄色)、H3K27ac(青)、H3K4me3ピーク(オレンジ)などの注釈付き制御要素を含む全ゲノム遺伝子座が示されています。3つの拡大図は、プロトコル、VISTA、および制御エンハンサーによって取得されたものとの間のアライメントを捉えています。コントロールエンハンサーとのオーバーラップは、赤いボックスで囲まれています。各サブ領域の座標は、下部のブラウザパネルに表示されます。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/66840fig5large.jpg" target="_blank">この図の拡大版を表示するには、ここをクリックしてください。</a>
表1:調査で使用されたデータ。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Table%201.xlsx" target="_blank">この表をダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
表2:調査で使用したWebベースのツール。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Table%202.xlsx" target="_blank">この表をダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル1:EnsEMBL Genome Browserのトラブルシューティング手順。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Supplementary%20File%201.docx" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル2:GRCh38形式のBEDファイル、実験的に検証された TBX5 心臓制御エンハンサー23。 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Supplementary%20File%202.bed" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル3:GRCh38形式のBEDファイル、 EnsEMBLからSTEP3で取得したTBX5心臓エンハンサー。 この<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Supplementary%20File%203.bed" target="_blank">ファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル4:GRCh38形式のBEDファイル、 EnsEMBLからSTEP4で取得したTBX5心臓エンハンサー。 この<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Supplementary%20File%204.bed" target="_blank">ファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>
補足ファイル 5: GRCh38 形式の BED ファイル、VISTA 心臓エンハンサー ブラウザから取得した TBX5 心臓エンハンサー 25。<a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66840/Supplementary%20File%205.bed" target="_blank">このファイルをダウンロードするには、ここをクリックしてください。</a>

遺伝子および組織特異的エンハンサーを選択するためのWebベースのワークフロー

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このプロトコルでは、生きた動物の細胞強化lacリプレッサーとテト活性化システムを使用して興味の内因性遺伝子のトランスクリプションを条件付きで制御できるモデル...

体内の内因性遺伝子操作のリモート制御システムのアプリケーション

我々は、胚性幹細胞から生成された胚体における高スループットシーケンシングに続く定量染色体立体構造捕捉の適用を報告する。この技術は、胚性幹細胞分化中に所定の遺伝子の推定エンハンサーとプロモーター領域との接触を同定し、定量することを可能にする。...

定量染色体立体構造捕捉による胚体におけるエンハンサー・プロモーター接触の同定(4C)

このプロトコルは、新規rAAVベースの一過性エンハンサー-レポーターアッセイを記載しています。このアッセイは、マウス脳において in vivo...

マウス脳におけるエンハンサーベースの発現コンストラクトのin vivo でのAAV展開

ここでは、高い、長期にわたる、安定したオンターゲットサイレンシング効率と、低いゲノムワイドなオフターゲット活性を持つ、遺伝子操作された転写抑制因子(ETR)の in vitro...

イン・ビトロ 標的エピジェネティックサイレンシングのための遺伝子操作転写リプレッサーの選択

遺伝子発現は、遺伝子プロモーターと遠位調節要素との相互作用によって調節される。ここでは、低入力のCapture...

希少細胞集団におけるプロモーター中心の時空間ゲノム構造を研究するための統合ワークフロー

このプロトコルは、初期のエンハンサー転写産物を定量化するための合理化された計算パイプラインを提供します。クロマチンアクセシビリティ、クロマチン特徴、転写データを統合することで、複雑な遺伝子内領域におけるエンハンサー活性の正確な検出と鎖特異的分析を可能にし、広範なバイオインフォマティクスのトレーニングを受けなくても研究者がアクセスできるようにします。...

マウス胚性幹細胞における遺伝子間/遺伝子内エンハンサーRNA定量のための計算パイプライン

私たちは、単一の哺乳類細胞を選別し、各細胞における最大96の標的遺伝子の発現を定量化する方法を説明しています。この方法には、絶対転写産物数の推定を可能にするための内部qPCR標準の使用が含まれます。...

内部標準でFACSおよび定量PCRを用いた単一細胞遺伝子発現プロファイリング

学ぶ、ウェブベースのツールを用いて遺伝子エンハンサーを同定するコーディング不要のワークフロー。公開ヒストン修飾データとHi-Cデータを活用し、プログラミングスキルなしで組織特異的な調節要素を探索できます。

遺伝子および組織特異的エンハンサーを選択するためのWebベースのワークフロー

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