Name: RNA analizi için paraformaldehit sabitli fare karaciğer dokusunun lazer yakalama mikrodiseksiyonu (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-04-17T12:33:00.000+00:00
Duration: 9 min 21 s
Description: Öğrenin, fare karaciğer dokusundan lazer yakalama mikrodiseksiyonu ile yüksek kaliteli RNA izolasyonunu. Bu yöntem, hepatosit alt gruplarının transkriptomik analizi için hassas hücre seçimi sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Shapiro, E., Biezuner, T., Linnarsson, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing-based+technologies+will+revolutionize+whole-organism+science%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing-based technologies will revolutionize whole-organism science.</a> Nat Rev Genet. 14 (9), 618-630 (2013).</li>
<li>Halpern, K. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+spatial+reconstruction+reveals+global+division+of+labour+in+the+mammalian+liver%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Single-cell spatial reconstruction reveals global division of labour in the mammalian liver.</a> Nature. 543 (7647), 352-356 (2017).</li>
<li>Aizarani, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+human+liver+cell+atlas+reveals+heterogeneity+and+epithelial+progenitors%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors.</a> Nature. 572 (7768), 199-204 (2019).</li>
<li>Van Den Brink, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+sequencing+reveals+dissociation-induced+gene+expression+in+tissue+subpopulations%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Single-cell sequencing reveals dissociation-induced gene expression in tissue subpopulations.</a> Nat Methods. 14 (10), 935-936 (2017).</li>
<li>Baron, C. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cell+Type+Purification+by+Single-Cell+Transcriptome-Trained+Sorting%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting.</a> Cell. 179 (2), 527-542.e19 (2019).</li>
<li>Gross, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Technologies+for+Single-Cell+Isolation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Mol+Sci%22%5BJournal%5D)">Technologies for Single-Cell Isolation.</a> Int J Mol Sci. 16 (8), 16897-16919 (2015).</li>
<li>Dries, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+spatial+transcriptomic+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Advances in spatial transcriptomic data analysis.</a> Genome Res. 31 (10), 1706-1718 (2021).</li>
<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
<li>Ståhl, P. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li>
<li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser-capture+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Laser-capture microdissection.</a> Nat Protoc. 1 (2), 586-603 (2006).</li>
<li>Baba, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gene+expression+profiling+in+biliary+epithelial+cells+of+primary+biliary+cirrhosis+using+laser+capture+microdissection+and+cDNA+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22Transl+Res%22%5BJournal%5D)">Gene expression profiling in biliary epithelial cells of primary biliary cirrhosis using laser capture microdissection and cDNA microarray.</a> Transl Res. 148 (3), 103-113 (2006).</li>
<li>Mena, J. E. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+capture+microdissection+after+%CE%B3-glutamyl+transferase+histochemistry%3A+An+optimization+for+gene+expression+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">Laser capture microdissection after γ-glutamyl transferase histochemistry: An optimization for gene expression analysis.</a> Anal Biochem. 447, 126-132 (2014).</li>
<li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-generation+RNA+Sequencing+of+Archival+Formalin-fixed+Paraffin-embedded+Urothelial+Bladder+Cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Eur+Urol%22%5BJournal%5D)">Next-generation RNA Sequencing of Archival Formalin-fixed Paraffin-embedded Urothelial Bladder Cancer.</a> Eur Urol. 66 (6), 982-986 (2014).</li>
<li>Ludyga, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Nucleic+acids+from+long-term+preserved+FFPE+tissues+are+suitable+for+downstream+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Virchows+Arch%22%5BJournal%5D)">Nucleic acids from long-term preserved FFPE tissues are suitable for downstream analyses.</a> Virchows Arch. 460 (2), 131-140 (2012).</li>
<li>Mägel, L., Bartels, S., Lehmann, U. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Next-Generation+Sequencing+Analysis+of+Laser-Microdissected+Formalin-Fixed+and+Paraffin-Embedded+%28FFPE%29+Tissue+Specimens%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Next-Generation Sequencing Analysis of Laser-Microdissected Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Specimens.</a> Methods Mol Biol. 1723, 111-118 (2018).</li>
<li>Von Ahlfen, S., Missel, A., Bendrat, K., Schlumpberger, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determinants+of+RNA+Quality+from+FFPE+Samples%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Determinants of RNA Quality from FFPE Samples.</a> PLoS One. 2 (12), e1261(2007).</li>
<li>Böhm, M., Wieland, I., Schütze, K., Rübben, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbeam+MOMeNT%3A+non-contact+laser+microdissection+of+membrane-mounted+native+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Microbeam MOMeNT: non-contact laser microdissection of membrane-mounted native tissue.</a> Am J Pathol. 151 (1), 63-67 (1997).</li>
<li>Schütze, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cut+out+or+poke+in--the+key+to+the+world+of+single+genes%3A+laser+micromanipulation+as+a+valuable+tool+on+the+look-out+for+the+origin+of+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Genet+Anal%22%5BJournal%5D)">Cut out or poke in--the key to the world of single genes: laser micromanipulation as a valuable tool on the look-out for the origin of disease.</a> Genet Anal. 14 (1), 1-8 (1997).</li>
<li>Datta, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+capture+microdissection%3A+Big+data+from+small+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Histol+Histopathol%22%5BJournal%5D)">Laser capture microdissection: Big data from small samples.</a> Histol Histopathol. 30 (11), 1255-1269 (2015).</li>
<li>Desjardins, P., Conklin, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((NanoDrop+microvolume+quantitation+of+nucleic+acids%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">NanoDrop microvolume quantitation of nucleic acids.</a> J Vis Exp. (45), e2565(2010).</li>
<li>Ge, S. J., Gan, W. Q., Karlinsey, K., Zhou, B. Y., Pachter, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Immuno-laser+capture+microdissection+of+perfusion-fixed+mouse+brain+tissue+coupled+to+RNA-seq%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurosci+Methods%22%5BJournal%5D)">Immuno-laser capture microdissection of perfusion-fixed mouse brain tissue coupled to RNA-seq.</a> J Neurosci Methods. 423, 110548(2025).</li>
<li>Takahashi, K., Beltran, W. A., Sudharsan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+workflow+for+transcriptomic+analysis+from+archival+paraformaldehyde-fixed+retinal+tissues+collected+by+laser+capture+microdissection%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Eye+Res%22%5BJournal%5D)">An optimized workflow for transcriptomic analysis from archival paraformaldehyde-fixed retinal tissues collected by laser capture microdissection.</a> Exp Eye Res. 246, 109989(2024).</li>
<li>Mahalingam, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+Capture+Microdissection%3A+Insights+into+Methods+and+Applications%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Laser Capture Microdissection: Insights into Methods and Applications.</a> Methods Mol Biol. 1723, 1-17 (2018).</li>
<li>Kim, S. O., Kim, J., Okajima, T., Cho, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mechanical+properties+of+paraformaldehyde-treated+individual+cells+investigated+by+atomic+force+microscopy+and+scanning+ion+conductance+microscopy%5BTitle%5D)+AND+%22Nano+Converg%22%5BJournal%5D)">Mechanical properties of paraformaldehyde-treated individual cells investigated by atomic force microscopy and scanning ion conductance microscopy.</a> Nano Converg. 4 (1), (2017).</li>
<li>Erickson, H. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+RT-PCR+gene+expression+analysis+of+laser+microdissected+tissue+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Quantitative RT-PCR gene expression analysis of laser microdissected tissue samples.</a> Nat Protoc. 4 (6), 902-922 (2009).</li>
<li>Pan, D. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+Capture+Microdissection-Based+RNA+Microsequencing+Reveals+Optic+Nerve+Crush-Related+Early+mRNA+Alterations+in+Retinal+Ganglion+Cell+Layer%5BTitle%5D)+AND+%22Transl+Vis+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Laser Capture Microdissection-Based RNA Microsequencing Reveals Optic Nerve Crush-Related Early mRNA Alterations in Retinal Ganglion Cell Layer.</a> Transl Vis Sci Technol. 9 (11), 30(2020).</li>
<li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Laser+Capture+Microdissection+and+RNA-Seq+Analysis%3A+High+Sensitivity+Approaches+to+Explain+Histopathological+Heterogeneity+in+Human+Glioblastoma+FFPE+Archived+Tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Oncol%22%5BJournal%5D)">Laser Capture Microdissection and RNA-Seq Analysis: High Sensitivity Approaches to Explain Histopathological Heterogeneity in Human Glioblastoma FFPE Archived Tissues.</a> Front Oncol. 9, 482(2019).</li>
<li>Phan, H. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+RNA+sequencing+of+paraformaldehyde-fixed+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High-throughput RNA sequencing of paraformaldehyde-fixed single cells.</a> Nat Commun. 12 (1), 5636(2021).</li>
<li>Thomsen, E. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fixed+single-cell+transcriptomic+characterization+of+human+radial+glial+diversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fixed single-cell transcriptomic characterization of human radial glial diversity.</a> Nat Methods. 13 (1), 87-93 (2016).</li>
<li>Lin, X. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+comparative+analysis+of+RNA+sequencing+methods+with+ribosome+RNA+depletion+for+degraded+and+low-input+total+RNA+from+formalin-fixed+and+paraffin-embedded+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Bmc+Genomics%22%5BJournal%5D)">A comparative analysis of RNA sequencing methods with ribosome RNA depletion for degraded and low-input total RNA from formalin-fixed and paraffin-embedded samples.</a> Bmc Genomics. 20 (1), 831(2019).</li>
<li>Luzzi, V., Mahadevappa, M., Raja, R., Warrington, J. A., Watson, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+reproducible+gene+expression+profiles+from+laser+capture+microdissection%2C+transcript+amplification%2C+and+high+density+oligonucleotide+microarray+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">Accurate and reproducible gene expression profiles from laser capture microdissection, transcript amplification, and high density oligonucleotide microarray analysis.</a> J Mol Diagn. 5 (1), 9-14 (2003).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td><güçlü>Malzeme</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>0.2 ml İnce Duvarlı Tüpler</td><td>Axygen</td><td>PCR-02-C</td><td>LCM koleksiyonu için tüpler</td></tr><tr><td>1.5 mL santrifüj tüpü</td><td>Axygen</td><td>339653</td><td></td></tr><tr><td>%4 paraformaldehit</td><td>Leagene</td><td>DF0135</td><td></td></tr><tr><td>50 mL santrifüj tüpü</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>339653</td><td></td></tr><tr><td>DEPC (dietil pirokarbonat)</td><td>Sigma</td><td>D-5758</td><td></td></tr><tr><td>DNase I sindirim seti</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>RNeasy FFPE Kit'in bir bileşeni, DNase I stok çözeltisi ve DNase Booster Buffer içerir</td></tr><tr><td>Etanol (%100)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>BP2818</td><td>Moleküler biyoloji için arındırılmış</td></tr><tr><td>Etanol bazlı yıkama tamponu</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>Buffer RPE (RNeasy FFPE Kit'inin bir bileşeni)</td></tr><tr><td>Yüksek tuzlu yıkama tamponu</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>Buffer RBC (RNeasy FFPE Kit'inin bileşeni)</td></tr><tr><td>Düşük profilli mikrotom bıçakları</td><td>Leica Biosystems</td><td>819</td><td></td></tr><tr><td>Mayer' s hematoksilin</td><td>Leagene</td><td>DH0001</td><td></td></tr><tr><td>OCT bileşiği</td><td>Sakura</td><td>4583</td><td></td></tr><tr><td>PEN membran kaplı sürgü</td><td>Leica</td><td>11505188</td><td></td></tr><tr><td>Fosfat tamponlu tuzlu su</td><td>Leagene</td><td>CC0010</td><td>DNaz/RNase-free</td></tr><tr><td>Poli-L-lizin</td><td>Macklin</td><td>P875131S</td><td></td></tr><tr><td>proteinaz K sindirim tamponu</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>Buffer PKD (RNeasy FFPE Kit'inin bileşeni)</td></tr><tr><td>Arındırma sütunu</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>RNeasy MinElute spin sütunu (RNeasy FFPE Kit'in bir bileşeni)</td></tr><tr><td>Nicel PCR master karışımı</td><td>Takara Biyografisi</td><td>RR820A</td><td>TB yeşil premix ex taq II (Tli RNaseH Plus)</td></tr><tr><td>Ters transkripsiyon kiti</td><td>Qiagen</td><td>205411</td><td>QuantiNova Ters Transkripsiyon Kiti</td></tr><tr><td>RNA çıkarma kiti</td><td>Qiagen</td><td>73504</td><td>RNeasy FFPE Kiti</td></tr><tr><td>RNA Dizileme Kiti (Düşük Girişli, Zincirli)</td><td>Takara Biyografisi</td><td>634412</td><td>SMARTer zincirli total RNA-seq kiti - pico input mammalian v2</td></tr><tr><td>RNase dekontaminasyon ajanı</td><td>Solarbio</td><td>SR0040</td><td>Temizlik</td></tr><tr><td>Sucrose</td><td>Macklin</td><td>S818049</td><td></td></tr><tr><td><güçlü>Hayvanlar ve Diyet</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Fare: C57BL/6J</td><td>Guangdong Eyaleti Laboratuvar Hayvan Merkezi</td><td>03</td><td></td></tr><tr><td><güçlü>özel diyet ve içme susu</kuvvetli></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Yüksek yağlı, kolin eksikliği içeren diyet (Baz diyet)</td><td>TROPHIC Hayvan Yemi Yüksek Teknoloji Şirketi, Ltd.</td><td>TP36310M</td><td>Makro besinler: protein, %14 kcal; karbonhidratlar %26 kcal; yağ, %60 kcal)</td></tr><tr><td>Şeker takviyeli içme suyu</td><td>Macklin</td><td>Kayıtsız (kendi kurum içinde hazırlanıyor)</td><td>D-glukoz (Macklin, Cat# F87500) ve D-fruktoz (Macklin, Cat# S818049) karışımı, otoklavlanmış içme suyuna son konsantrasyon 42 g/L ile eklendi ve glikoz-fruktoz oranı 55:45 (w/w) idi</td></tr><tr><td>Fare Primerleri</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>&beta;-actin (İleri: AGAGGGAAATCGTGCGTGAC )</td><td>BGI Dizilemesi</td><td>Özelleştirilmiş</td><td>HPLC arındırılmış</td></tr><tr><td>&beta;-actin (Tersine: CAATAGTGATGACCTGGCCGT)</td><td>BGI Dizilemesi</td><td>Özelleştirilmiş</td><td>HPLC arındırılmış</td></tr><tr><td><güçlü>Ekipman</güçlü></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Kriyostat mikrotomu</td><td>Leica Biosystems</td><td>CM3050 S</td><td></td></tr><tr><td>Biyoanalizör sistemi</td><td>Çevik</td><td>G2939BA</td><td></td></tr><tr><td>Yüksek verimli dizileme platformu</td><td>Illumina; Inc.</td><td>NovaSeq 6000 sistemi</td><td></td></tr><tr><td>Lazer Yakalama Mikrodiseksiyon sistemi</td><td>Leica Microsystems</td><td>Leica LMD6500</td><td></td></tr><tr><td>Nicel PCR sistemi</td><td>Uygulamalı Biyosistemler</td><td>QuantStudio 5 Gerçek Zamanlı PCR Sistemi</td><td></td></tr><tr><td>Spektrofotometre</td><td>ThermoFisher Scientific</td><td>NP80</td><td>NanoDrop</td></tr><tr><td>Termal Döngücü</td><td>BioRad</td><td>T100</td><td></td></tr><tr><td>Software</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Adobe Illustrator CC 2019 (sürüm 23.0.2)</td><td>Adobe</td><td>https://www.adobe.com/products/illustrator.html</td><td></td></tr><tr><td>GraphPad Prism (sürüm 8.3.0)</td><td>GraphPad Yazılımı</td><td>https://www.graphpad.com</td><td></td></tr></tbody></table>

rna analizi için paraformaldehit sabitli fare karaciğer dokusunun lazer yakalama mikrodiseksiyonu

Laser Capture Microdissection of Paraformaldehyde-Fixed Mouse Liver Tissue for RNA Analysis

RNA analizi için paraformaldehit sabitli fare karaciğer dokusunun lazer yakalama mikrodiseksiyonu

Laser capture microdissection (LCM) provides spatial access to specific cell populations within complex tissues through in situ visualization and ...

laser-capture-microdissection-paraformaldehyde-fixed-mouse-liver

Research

JoVE Journal

Biology

Ayrık fare beyin bölgelerinin RNA ekspresyon profillemesi, hassas ve tekrarlanabilir bir doku toplama stratejisi gerektirir. Burada, hem koronal beyin kesitlenmesi hem de doku orajörü yardımıyla mikrodissection kullanan bir protokol açıklanmaktadır. Elde edilen örneklerden sağlanan toplam RNA'nın verimi ve kalitesi, özetlenen yöntemin kullanışlılığını doğrulamaktadır.

Toplam RNA İzolasyonu ve Alt Nesil Sıralama ve Kaynak gösterilmeden kullanılamaz Ayrık Fare Beyin Bölgeler Mikrodisseksiyon Sigara Lazer Yakalama Mikroskopi Yaklaşım

Belirli bir doku hücrelerinin bir alt kümesi gen ifade analizi büyük bir sorun teşkil etmektedir. Bu makalede, lazer yakalama mikrodiseksiyon ile hızlı bir immün yöntemi birleştirerek belirli bir hücre popülasyonu yüksek kaliteli toplam RNA izole açıklamaktadır.

Hücre belirli alt gruplar RNA izolasyonu Hızlı immünoyaftalama ile birlikte Lazer yakalama mikrodiseksiyon kullanma

Burada, kantitatif gerçek zamanlı PCR (RT-PCR) ve yerinde hibridizasyon (ISH) kullanan arşivlenmiş Formalin-Sabit, Parafine Gömülü (FFPE) veya taze dondurulmuş prostat kanseri (PCa) klinik dokularında mikroRNA (miRNA) ekspresyon analizleri için basitleştirilmiş bir protokolü açıklıyoruz.

Prostat Kanseri Klinik Dokularındaki miRNA İfade Analizleri

Bu protokolün amacı, aşağı akış RNA analizi için heterojen prostat dokularından saf hücre tipi popülasyonlarını izole etmek için etkili bir yöntem olarak lazer yakalama mikro-diseksiyonunu kullanmaktır.

RNA Analizi İnsan Prostat Epitelinin Lazer yakalama mikrodiseksiyon

Burada, biz bir tekrarlanabilir lazer yakalama mikrodiseksiyon (LCM) için bir protokol trabeküler meshwork (TM) aşağı akım RNA analizi için yalıtmak için açıklamak. TM ifadede gen değişiklikleri analiz yeteneği göz hastalıkları TM ile ilgili temel moleküler mekanizmaları anlamada yardımcı olacaktır.

Lazer yakalama mikrodiseksiyon son derece saf trabeküler Meshwork gen ifade analizi için fare gözlerinden

Akış sitometrisi gerektirmeyen sabit/kriyokorunmuş doku örneklerinde hepatosit numarası ve nükleer ploidideki değişiklikleri ölçmek için sağlam, uygun maliyetli ve esnek bir yöntem saseril. Yaklaşımımız karaciğer hasarı ve hastalığın ilerlemesini izlemek için ideal karaciğer sitolojisi güçlü bir örnek çapında imza sağlar.

Farelerde Hepatosit Nükleer Ploidi Tahmini için Yerinde Yüksek Throughput Yöntemi

Kemik hücrelerinde gen ekspresyonu analizi için yeterli miktarda yüksek kaliteli RNA elde etmek için lazer yakalama mikrodisseksi (LCM) protokolü geliştirilmiştir. Mevcut çalışma fare uyluk bölümleri üzerinde duruluyor. Ancak, burada bildirilen LCM protokolü herhangi bir sert doku hücrelerinde gen ekspresyonu çalışmak için kullanılabilir.

Taze Dondurulmuş Fare Kemiklerinden Yüksek Kaliteli RNA Veren Lazer Yakalama Mikrodisksiyon Protokolü

Ribozom afinite saflaştırmanın (TRAP) çevirisi hücre tipine özgü translating mRNA'nın hızlı ve etkin bir şekilde izole edilmesini sağlar. Burada, karaciğer repopülasyonu ve TRAP bir fare modelinde hidrodinamik kuyruk-ven enjeksiyonu birleştiren bir yöntem göstermek hepatositlerin ifade profilini incelemek için.

Fare Karaciğerinde Hücre Tipine Özgü Gen Ekspresyonu Profiloluşturma

Bu protokol, fare embriyosu taze dondurulmuş bölümlerinden kıkırdak ve kemik izolasyonu için lazer yakalama mikrodizeksiyon açıklar. Kıkırdak ve kemik hızla cresyl menekşe boyama ile görselleştirilmiş ve transkripsiyonanalizi için yüksek kaliteli RNA verim hassas toplanabilir.

Gen Ekspresyonu Analizi için Fare Embriyonik Kıkırdağı ve Kemiğinin Lazer Yakalama Mikrodizmesi

Lazer mikrodisesi ( LMD) glioma heterojenite ve invazyon aracılık yolları ortaya çıkarmak için kullanılabilecek hassas ve son derece tekrarlanabilir bir tekniktir. Burada lazer LMD kullanarak glioma dokusundan ayrık alanları izole etmek ve ardından transkripsiyonanalizi yapmak için optimize edilmiş bir protokol tanımlıyoruz.

İntratümöral Heterojenite, Oncostreams ve Invasion'ın Mekansal ve Moleküler Karakterizasyonu için Glioma Alt Bölgelerinin Lazer Yakalama Mikrodizması

Burada sunulan bitki dokularının lazer yakalama mikrodisseksi (LCM) için bir protokoldür. LCM, doku alanlarını kontaminasyonsuz bir şekilde izole etmek için mikroskobik bir tekniktir. Prosedür doku fiksasyonu, parafin katıştırma, kesit, LCM ve RNA ekstraksiyon içerir. RNA, transkripsiyonların alt dokuya özgü, zamansal olarak çözümlenmiş analizinde kullanılır.

Bitkilerde Mekansal ve Zamansal Dokuya Özgü Gen Ekspresyonu Analizi için Lazer Yakalama Mikrodiszesi RNA-Dizileme

Öğrenin, fare karaciğer dokusundan lazer yakalama mikrodiseksiyonu ile yüksek kaliteli RNA izolasyonunu. Bu yöntem, hepatosit alt gruplarının transkriptomik analizi için hassas hücre seçimi sağlar.

RNA analizi için paraformaldehit sabitli fare karaciğer dokusunun lazer yakalama mikrodiseksiyonu

Daha fazla video keşfet