Name: Bölünmüş Brokoli RNA Raporlayıcıları Kullanılarak In vitro RNA Kümelerinde Moleküller arası RNA Eşleşmesinin Görselleştirilmesi ve Nicelendirilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-05-29T16:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Keşfedin bölünmüş Brokoli RNA raporlayıcıları kullanarak in vitro RNA kümelerinde moleküller arası RNA eşleşmesini görselleştirme ve nicelleştirme yöntemini. Bu teknik, RNA-RNA etkileşimlerini doğrudan ölçmek için floresan tabanlı bir yaklaşım sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>Jain, A., Vale, R. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+phase+transitions+in+repeat+expansion+disorders.">RNA phase transitions in repeat expansion disorders.</a> Nature. 546, 243-247 (2017).</li><li>Langdon, E. M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=mRNA+structure+determines+specificity+of+a+polyQ-driven+phase+separation.">mRNA structure determines specificity of a polyQ-driven phase separation.</a> Science. 360, 922-927 (2018).</li><li>Tauber, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modulation+of+RNA+condensation+by+the+DEAD-box+protein+eIF4A.">Modulation of RNA condensation by the DEAD-box protein eIF4A.</a> Cell. 180, 411-426 (2020).</li><li>Tian, S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+intermolecular+base+pairing+in+Drosophila+germ+granules+by+mRNA+folding+and+its+implications+in+fly+development.">Controlling intermolecular base pairing in Drosophila germ granules by mRNA folding and its implications in fly development.</a> Nat Commun. 16, 8135 (2025).</li><li>Van Treeck, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+self-assembly+contributes+to+stress+granule+formation+and+defining+the+stress+granule+transcriptome.">RNA self-assembly contributes to stress granule formation and defining the stress granule transcriptome.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 115, 2734-2739 (2018).</li><li>Bose, M., Rankovic, B., Mahamid, J., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+architectural+role+of+specific+RNA&#8211;RNA+interactions+in+oskar+granules.">An architectural role of specific RNA&#8211;RNA interactions in oskar granules.</a> Nat Cell Biol. 26, 1934-1942 (2024).</li><li>Jambor, H., Brunel, C., Ephrussi, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dimerization+of+oskar+3&#8242;+UTRs+promotes+hitchhiking+for+RNA+localization+in+the+Drosophila+oocyte.">Dimerization of oskar 3&#8242; UTRs promotes hitchhiking for RNA localization in the Drosophila oocyte.</a> RNA. 17, 2049-2057 (2011).</li><li>Majumder, S., Coupe, S., Fakhri, N., Jain, A. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-encoded+intermolecular+base+pairing+modulates+fluidity+in+DNA+and+RNA+condensates.">Sequence-encoded intermolecular base pairing modulates fluidity in DNA and RNA condensates.</a> Nat Commun. 16, 4258 (2025).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Condensates+in+RNA+repeat+sequences+are+heterogeneously+organized+and+exhibit+reptation+dynamics.">Condensates in RNA repeat sequences are heterogeneously organized and exhibit reptation dynamics.</a> Nat Chem. 14, 775-785 (2022).</li><li>Poudyal, R. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+sequence+and+structure+control+assembly+and+function+of+RNA+condensates.">RNA sequence and structure control assembly and function of RNA condensates.</a> RNA. 27, 1589-1601 (2021).</li><li>Smola, M. J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Selective+2&#8242;-hydroxyl+acylation+analyzed+by+primer+extension+and+mutational+profiling+(SHAPE-MaP)+for+direct,+versatile+and+accurate+RNA+structure+analysis.">Selective 2&#8242;-hydroxyl acylation analyzed by primer extension and mutational profiling (SHAPE-MaP) for direct, versatile and accurate RNA structure analysis.</a> Nat Protoc. 10, 1643-1669 (2015).</li><li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo.">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nat Methods. 14, 75-82 (2017).</li><li>Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theory+and+simulations+for+RNA+folding+in+mixtures+of+monovalent+and+divalent+cations.">Theory and simulations for RNA folding in mixtures of monovalent and divalent cations.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 116, 21022-21030 (2019).</li><li>Maity, H., Nguyen, H. T., Hori, N., Thirumalai, D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Odd&#8211;even+disparity+in+the+population+of+slipped+hairpins+in+RNA+repeat+sequences+with+implications+for+phase+separation.">Odd&#8211;even disparity in the population of slipped hairpins in RNA repeat sequences with implications for phase separation.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 120, e2301409120 (2023).</li><li>Liao, J. N., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+intermolecular+base+pairing+using+AMT+crosslinking+in+mammalian+cells+during+oxidative+stress.">Characterization of intermolecular base pairing using AMT crosslinking in mammalian cells during oxidative stress.</a> bioRxiv. , (2025).</li><li>Kirsch, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+streamlined+protocol+for+the+detection+of+mRNA&#8211;sRNA+interactions+using+AMT-crosslinking+in+vitro.">A streamlined protocol for the detection of mRNA&#8211;sRNA interactions using AMT-crosslinking in vitro.</a> Biotechniques. 67, 178-183 (2019).</li><li>Aw, J. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+mapping+of+eukaryotic+RNA+interactomes+reveals+principles+of+higher-order+organization+and+regulation.">In vivo mapping of eukaryotic RNA interactomes reveals principles of higher-order organization and regulation.</a> Mol Cell. 62, 603-617 (2016).</li><li>Alam, K. K., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+fluorescent+split+aptamer+for+visualizing+RNA&#8211;RNA+assembly+in+vivo.">A fluorescent split aptamer for visualizing RNA&#8211;RNA assembly in vivo.</a> ACS Synth Biol. 6, 1710-1721 (2017).</li><li>Conrad, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Maximizing+transcription+of+nucleic+acids+with+efficient+T7+promoters.">Maximizing transcription of nucleic acids with efficient T7 promoters.</a> Commun Biol. 3, 439 (2020).</li><li>Imburgio, D., Rong, M., Ma, K., McAllister, W. T. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+of+promoter+recognition+and+start+site+selection+by+T7+RNA+polymerase+using+a+comprehensive+collection+of+promoter+variants.">Studies of promoter recognition and start site selection by T7 RNA polymerase using a comprehensive collection of promoter variants.</a> Biochemistry. 39, 10419-10430 (2000).</li><li>Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NIH+Image+to+ImageJ:+25+years+of+image+analysis.">NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis.</a> Nat Methods. 9, 671-675 (2012).</li><li>Shanaa, O. A., Rumyantsev, A., Sambuk, E., Padkina, M. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vivo+production+of+RNA+aptamers+and+nanoparticles:+problems+and+prospects.">In vivo production of RNA aptamers and nanoparticles: problems and prospects.</a> Molecules. 26, (2021).</li><li>Rangan, P., DeGennaro, M., Jaime-Bustamante, K., Coux, R. X., Martinho, R. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Temporal+and+spatial+control+of+germ-plasm+RNAs.">Temporal and spatial control of germ-plasm RNAs.</a> Curr Biol. 19, 72-77 (2009).</li><li>Trcek, T., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-independent+self-assembly+of+germ+granule+mRNAs+into+homotypic+clusters.">Sequence-independent self-assembly of germ granule mRNAs into homotypic clusters.</a> Mol Cell. 78, 941-950 (2020).</li><li>Lorenz, R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ViennaRNA+package+2.0.">ViennaRNA package 2.0.</a> Algorithms Mol Biol. 6, 26 (2011).</li><li>Filonov, G. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Broccoli:+rapid+selection+of+an+RNA+mimic+of+green+fluorescent+protein+by+fluorescence-based+selection+and+directed+evolution.">Broccoli: rapid selection of an RNA mimic of green fluorescent protein by fluorescence-based selection and directed evolution.</a> J Am Chem Soc. 136, 16299-16308 (2014).</li><li>Song, W., Strack, R. L., Svensen, N., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plug-and-play+fluorophores+extend+the+spectral+properties+of+Spinach.">Plug-and-play fluorophores extend the spectral properties of Spinach.</a> J Am Chem Soc. 136, 1198-1201 (2014).</li><li>Guet, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combining+Spinach-tagged+RNA+and+gene+localization+to+image+gene+expression+in+live+yeast.">Combining Spinach-tagged RNA and gene localization to image gene expression in live yeast.</a> Nat Commun. 6, 8882 (2015).</li><li>You, M., Litke, J. L., Jaffrey, S. R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+metabolite+dynamics+in+living+cells+using+a+Spinach-based+riboswitch.">Imaging metabolite dynamics in living cells using a Spinach-based riboswitch.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 112, E2756-E2765 (2015).</li><li>Zinskie, J. A., Roig, M., Janetopoulos, C., Myers, K. A., Bruist, M. F. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Live-cell+imaging+of+small+nucleolar+RNA+tagged+with+the+broccoli+aptamer+in+yeast.">Live-cell imaging of small nucleolar RNA tagged with the broccoli aptamer in yeast.</a> FEMS Yeast Res. 18, (2018).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>1M MgCl2</td><td>Millipore Sigma</td><td>M1028</td><td>10& Times hazırlamak için kullanılmıştır; RNA yeniden katlama tamponu.</td></tr><tr><td>2M KCl</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9640G</td><td>10& Times hazırlamak için kullanılmıştır; RNA yeniden katlama tamponu.</td></tr><tr><td>%50 PEG 8000</td><td>NEB</td><td>M0204S</td><td>T4 RNA ligaz kiti bileşeni; RNA kümelenmesini indüklemek için moleküler kalabalık reaktif olarak kullanılır.&nbsp;</td></tr><tr><td>Mutlak etanol, 200 kanıt</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>T038181000CS</td><td>RNA yıkama tamponu hazırlamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Asit fenol:kloroform, pH 4.5 (IAA ile, 125:24:1)</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9722</td><td>RNA arıtması için kullanılır.</td></tr><tr><td>Aminoallyl-UTP-Cy5</td><td>Jena Bioscience</td><td>NU-821-CY5</td><td>In vitro transkripsiyon sırasında RNA etiketleme için kullanılır.</td></tr><tr><td>Odalı kaplama cam</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>155409PK</td><td>RNA kümeleme reaksiyonları için görüntüleme odası.</td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>C298-500</td><td>RNA arıtması için kullanılır.</td></tr><tr><td>DFHBI-1T</td><td>Lucerna</td><td>410</td><td>Brokoli RNA aptamerinin tespiti için florofor olarak kullanılır.</td></tr><tr><td>DMSO</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>D12345</td><td>Ansusuz; moleküler biyoloji notu; DFHBI-1T hazırlanmasında kullanılır.&nbsp;</td></tr><tr><td>DNA Temizliği & Konsantrasyon Kiti</td><td>Zymo</td><td>D4014</td><td>T7 transkripsiyonundan önce DNA ürünlerinin temizlenmesi için kullanılır.</td></tr><tr><td>DNA Jel Çıkarma Kiti</td><td>NEB</td><td>T1020L</td><td>Jel ekstraksiyonu için kullanılır.</td></tr><tr><td>Kuru banyo</td><td>Benchmark Scientific</td><td>BSH1001</td><td>Mikrosantrifüj tüplerinde RNA örneklerinin ısıtılması için kullanılır.&nbsp;</td></tr><tr><td>FIJI/ImageJ</td><td>NIH (Ulusal Sağlık Enstitüleri)</td><td>Yok</td><td>Açık kaynak görüntü analiz yazılımı; floresans yoğunluğu ve ROI analizinin nicelendirilmesi için kullanılır.</td></tr><tr><td>Jel elektroforez sistemi&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>B2-BP</td><td>DNA jel elektroforezi çalıştırmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Jel yükleme boyası, mor (6 kez;)</td><td>NEB</td><td>B7024S</td><td>DNA jel elektroforezi için yükleme boya olarak kullanılır.</td></tr><tr><td>Anında yapılandırılmış aydınlatma mikroskobu</td><td>VisiTech uluslararası</td><td>VT-iSIM</td><td>GFP ve Cy5 floresansını görüntülemeye çalışan bir konfokal mikroskop.</td></tr><tr><td>İzopropanol</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>327272500</td><td>RNA arıtması için kullanılır.</td></tr><tr><td>MEGAscript T7 Transkripsiyon Kiti</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM1334</td><td>In vitro T7 transkripsiyonu için kullanılır. Kit, nukleotid çözeltileri (ATP, CTP, GTP, UTP) ve DNAZ'ı içerir.</td></tr><tr><td>Mikrosantrifüj tüpleri</td><td>Genesee Scientific</td><td>22-284</td><td>1.5mL tüp; in vitro transkripsiyon, RNA ürünleri ve spermin ile DFHBI-1T.&nbsp aliquotları için DNA şablonlarının depolanması için kullanılır; &nbsp; &nbsp;</td></tr><tr><td>Mini santrifüj</td><td>Benchmark Scientific</td><td>Z763845</td><td>Kısa süreli santrifüj için kullanılır.</td></tr><tr><td>Nanodrop One Spektrofotometre</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>13-400-518</td><td>DNA ve RNA konsantrasyonu ile kalitesini ölçmek için mikrohacim spektrofotometresi.</td></tr><tr><td>Nükleazsız su&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9937</td><td>RNA peletlerinin yeniden süspansiyonu, RNA yıkama ve yeniden katlama tamponlarının hazırlanması, spermin ve DFHBI-1T'nin seyreltilmesi için kullanılır.</td></tr><tr><td>Çevrimiçi azı dişleri kütle hesaplayıcısı</td><td>New England Biolabs (NEB)</td><td>Yok</td><td>RNA kütlesini molyar miktardan hesaplamak için kullanılan çevrimiçi araç (örneğin, pmol).</td></tr><tr><td>Polipropilen PCR tüpleri</td><td>Corning</td><td>3745</td><td>200 &mu; PCR, in vitro transkripsiyon ve RNA kümeleme reaksiyonları için kullanılan L PCR tüpleri</td></tr><tr><td>PowerPac Temel Güç Kaynağı</td><td>Bio-rad</td><td>1645050</td><td>DNA jel elektroforezi çalıştırmak için kullanılır.</td></tr><tr><td>Proflex PCR termal döngücü</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>44-840-73</td><td>PCR, in vitro transkripsiyon ve ısıtma RNA örnekleri için PCR tüplerinde kullanılır.</td></tr><tr><td>Q5 Yüksek Hassasiyet 2& kez; Master Mix</td><td>NEB</td><td>M0492S</td><td>2&times olarak kullanıldı; Yüksek kaliteli master mix.</td></tr><tr><td>Soğutmalı santrifüj&nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>5424R</td><td>RNA arındırma ve peletleme için kullanılır.&nbsp;</td></tr><tr><td>RNase Dekontamminasyon Çözümü</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>AM9782</td><td>Laboratuvar tezgahları ve yüzeylerinin temizlenmesinde RNase kontaminasyonunu en aza indirmek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Spermin&nbsp; tetrahidroklorür</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S1141-1G</td><td>RNA kümelenmesini indüklemek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Tris Üssü</td><td>Millipore Sigma</td><td>T1503-1KG</td><td>Tris tamponu (pH 7.0) hazırlanmasında kullanılır.</td></tr><tr><td>Ultrasaf agaroz</td><td>Thermo Fisher Scientific&nbsp;</td><td>16500500</td><td>DNA jel elektroforezi için kullanılır.&nbsp;</td></tr></tbody></table>

bölünmüş brokoli rna raporlayıcıları kullanılarak in vitro rna kümelerinde moleküller arası rna eşleşmesinin görselleştirilmesi ve nicelendirilmesi

Visualization and Quantification of Intermolecular RNA Base Pairing in in vitro RNA Clusters Using Split Broccoli RNA Reporters

Bölünmüş Brokoli RNA Raporlayıcıları Kullanılarak In vitro RNA Kümelerinde Moleküller arası RNA Eşleşmesinin Görselleştirilmesi ve Nicelendirilmesi

RNA clustering, driven by multivalent intermolecular RNA&#8211;RNA interactions, can occur in vitro in the absence of proteins. While chemical probing and ...

visualization-quantification-intermolecular-rna-base-pairing-in-vitro

Research

JoVE Journal

Biology

Pre-mRNA geçici doğası nedeniyle, izole etmek ve incelemek için zor...

İnsan pre-mRNA üzerinde Haritalama Ribonucleoproteins Hızlı Yüksek verim için Yöntemi (RNPs)

Burada RNA / protein etkileşimleri analiz etmek için bir protokol mevcut. elektroforetik hareketlilik kayma deneyi (EMSA), yerli jel elektroforez sırasında RNA / protein kompleksleri ve serbest RNA ayırıcı geçiş dayanmaktadır. Bir radyo-etiketli bir RNA probu kullanarak, RNA / protein kompleksleri otoradyografi ile görselleştirilebilir.

IRE / IRP Örnek: RNA-protein Etkileşimleri Çalışmaları elektroforetik hareketlilik Shift Testi (EMSA)

Burada, intramoleküler ve molekül içi RNA-RNA etkileşimlerinin in vivo genom geneli haritalamasını mümkün kılan P soralen çapraz bağlanmış, L ve s seçilmiş H zincirlerinin (SPLASH) eşitliğinin yöntemini ayrıntılı olarak açıklıyoruz. SPLASH maya, bakteri ve insanlar dahil olmak üzere organizmaların RNA etkileşimlerini incelemek için kullanılabilir.

RNA-RNA Etkileşmelerini Biyotinlenmiş Psooren Kullanarak Küresel Olarak Haritalama

Biz RNA bağlanıcı proteinler tanımlamak ve kendi RNA bağlayıcı bölgeleri UV-aracılı photocrosslinking ve kütle spektrometresi kullanılarak canlı hücrelerdeki eşlemek için bir protokol tanımlamak.

Kütle spektrometresi tabanlı kimlik RNA-bağlama bölgelerinin için numune hazırlama

Mutagenesis site yönettiği belirli mutasyonların Deoksiribonükleik asit (DNA) tanıtmak için kullanılan bir tekniktir. Bu iletişim kuralı site yönettiği mutagenesis ile 2 adım nasıl açıklar ve ilgi herhangi bir DNA parçası geçerlidir yaklaşım 3 adımlı polimeraz zincir tepkimesi (PCR) dayalı.

Site yönettiği Mutagenesis in Vitro ve Escherichia Coli etkileşimlerde RNA ile örneği Vivo deneyler için

Bu yöntemle, RNA bağlayıcı proteinlerin (RBPs) bağlayıcı benzeşimini, bakteriyel hücrelerde basit, canlı ve muhabir bir tahlil kullanarak bilat ve bileksiz bağlayıcı sitelere göre ölçeceğiz. Tahlil bir muhabir geni baskının dayanmaktadır.

Bakterilerde protein RNA bağlayıcı ölçümü için bir tahlil

Protokol, florojenik RNA aptamers Ispanak2 ve Brokolinin kinetiğini belirlemek için iki yöntem sunar. İlk yöntem, florojenik aptamer kinetiğinin in vitro olarak bir plaka okuyucu ile nasıl ölçüleceğini açıklarken, ikinci yöntem hücrelerdeki florojenik aptamer kinetiğinin akış sitometrisi ile ölçülmesini detaylandırır.

Florojenik RNA Aptamers için In Vitro ve Hücresel Turn-on Kinetiğinin Belirlenmesi

Protokol, mutasyonel profilleme deneyleri için RNA'nın dimetil sülfat ile modifiye edilmesi için talimat sağlar. İki alternatif kütüphane hazırlama yöntemi ile in vitro ve in vivo problama içerir.

RNA Yapısının Dimetil Sülfat Mutasyonel Profillemesi ile İn Vitro ve İn Hücre Dizilimi ile İncelenmesi

Murin koroid pleksusunda insülin reseptör izoformları IR-A ve IR-B'yi haritalamak için bir Dubleks in situ hibridizasyon testi oluşturduk ve geleneksel yöntemlerin sınırlamalarının üstesinden geldik. Bu yüksek çözünürlüklü yaklaşım, beyin insülin sinyalizasyonu ve nörolojik bozukluklar için potansiyel izoform hedefli tedaviler hakkında yeni bilgiler sunan izoforma özgü ifadeyi ortaya çıkarır.

Murin Beyninde İnsülin Reseptörleri A ve B'nin RNA In Situ Hibridizasyon Testi ile Hassas Görselleştirilmesi

Burada, RNA ile ilişkili kromatin DNA-DNA etkileşimlerini yakalamak için RNA ile ilişkili üç boyutlu genom organizasyonunu haritalamak için bir protokol sunuyoruz.

RNA ile İlgili Kromatin DNA-DNA Etkileşim Yöntemi

Keşfedin bölünmüş Brokoli RNA raporlayıcıları kullanarak in vitro RNA kümelerinde moleküller arası RNA eşleşmesini görselleştirme ve nicelleştirme yöntemini. Bu teknik, RNA-RNA etkileşimlerini doğrudan ölçmek için floresan tabanlı bir yaklaşım sunar.

Bölünmüş Brokoli RNA Raporlayıcıları Kullanılarak In vitro RNA Kümelerinde Moleküller arası RNA Eşleşmesinin Görselleştirilmesi ve Nicelendirilmesi (Video) | JoVE Journal

Bölünmüş Brokoli RNA Raporlayıcıları Kullanılarak In vitro RNA Kümelerinde Moleküller arası RNA Eşleşmesinin Görselleştirilmesi ve Nicelendirilmesi

Daha fazla video keşfet